V tomto článku se jedná se o zjištění z nové studie publikované na Cambridge university. Originál článku publikován online Cambridge University Press dne 24. února 2023

Nejprve krátký sumář. Slyšeli jste už o střevním mikrobiomu? Je to miliardová komunita, která kontroluje vaše trávení, imunitu a náladu. Nový výzkum však odhalil, že v tomto přeplněném ekosystému dochází k něčemu, co připomíná půjčování zbraní hromadného ničení.

Vědci varují, že bakterie si umí předávat geny pro toxiny a rezistenci na antibiotika – a to neuvěřitelně rychle!

Tiší agenti: Mobilní genetické elementy

Většina genů bakterie je „uzamčena“ v její hlavní DNA. Ale geny, které kódují toxiny nebo odolnost vůči lékům, jsou často navázány na speciální balíčky, které nazýváme Mobilní Genetické Elementy (MGEs).

Tyto MGEs jsou jako genetičtí kurýři nebo jako malé USB klíče. Umožňují bakteriím rychle si navzájem „poslat“ kritické informace. Děje se to procesem, který se jmenuje Horizontální Přenos Genů (HGT), a ten mění pravidla hry:

• Rychlá evoluce: Nepřátelské bakterie nemusí čekat na vlastní mutaci. Potřebnou toxickou vlastnost nebo odolnost vůči léku si jednoduše „stáhnou“ od jiného obyvatele střeva.
• Komunikace na denním pořádku: Přenos se neděje jen mezi špatnými patogeny. Dokonce i jinak neškodné (komensální) bakterie si mohou od patogenů převzít nebezpečné geny a samy se tak stát hrozbou.

Toxiny jako dárek: Příběhy z podsvětí

Vědci v článku detailně popisují, jak si Salmonella, Clostridium difficile (známý viník nemocničních průjmů) a jiné střevní patogeny vyměňují toxické geny, které spouštějí onemocnění.

Jedná se o neustále probíhající genetickou výzbroj ve vašem střevě, kde je toxin, který dnes produkuje jeden patogen, zítra již součástí arzenálu jiné bakterie.

Co to znamená pro nás?

1. Strava vs. Gemy: Složení našeho mikrobiomu – to, zda v něm dominují „dobré“ nebo „špatné“ bakterie – je silně ovlivněno stravou, životním stylem a léky (např. antibiotika a dokonce i léky na diabetes).
2. Ochrana před „výměnou zbraní“: Udržování zdravé a rozmanité mikrobiální komunity je klíčové. Pestrá strava bohatá na vlákninu a cílená podpora prospěšných bakterií může posílit ekosystém natolik, že se mu podaří potlačit růst patogenů a zamezit tomuto nebezpečnému horizontálnímu přenosu genů.

Závěr: Zdravý mikrobiom není jen o dobrém trávení. Je to vaše první linie obrany, která rozhoduje o tom, které bakterie si umí ve vašem střevě půjčit a předat nejnebezpečnější genetické kódy.

Českou verzi článku naleznete níže. Název článku v češtině je: Mobilní genetické prvky spojené s toxiny v hlavních střevních bakteriálních patogenech

Shruti Panwar, Shashi Kumari, Jyoti Verma, Susmita Bakshi, Lekshmi Narendrakumar, Deepjyoti Paul a Bhabatosh Das*
Functional GenomicsLaboratory,InfectionandImmunologyDivision,TranslationalHealthScienceandTechnologyInstitute,Faridabad, Indie *Corresponding author. Email: bhabatosh@thsti.res.in (Received 16 February 2022; revised 31 Prosinec 2022; accepted 24 February 2023)

Abstrakt

Jedním z fascinujících výsledků studií lidského mikrobiomu využívajících multi-omickou technologii je schopnost dešifrovat miliony mikrobiálně kódovaných funkcí v nejkomplexnějším a nejhustěji osídleném mikrobiálním ekosystému, včetně lidského gastrointestinálního traktu (GI), bez kultivace mikrobů. Je dobře známo, že několik funkcí, které modulují lidský metabolismus, asimilaci živin, imunitu, infekce, závažnost onemocnění a terapeutickou účinnost léků, mají převážně mikrobiální původ. Kromě toho jsou tyto mikrobiální funkce dynamické a mohou se šířit mezi mikrobiálními taxony žijícími ve stejném ekosystému nebo jiných mikrobiálních ekosystémech prostřednictvím horizontálního přenosu genů. Pro klinické lékaře i výzkumníky je mimořádně důležité pochopit toxiny, faktory virulence a vlastnosti rezistence vůči lékům kódované mikroby spojenými s lidským tělem. Pokud jsou však tyto vlastnosti geneticky spojeny s mobilními genetickými prvky (MGE), které je činí přenosnými, vytváří to dodatečnou zátěž pro veřejné zdraví. Tato studie se zaměřuje hlavně na funkce komenzálů ve střevě a dynamiku a vzájemné působení mezi komenzálními a patogenními bakteriemi ve střevě. Studie také sumarizuje množství MGE spojených s virulentními geny přítomnými v genomech různých enterických bakteriálních patogenů, které jsou přenosné mezi jinými patogeny a komenzály.

Klíčová slova: Mobilní genetické prvky; mikrobiom; patogeny; toxiny; horizontální přenos genů; rezistence na léky

Úvod

Termín „střevní mikrobiota“ označuje celou populaci mikroorganismů, které žijí v lidském střevě, a zahrnuje bakterie, houby, archey, prvoky a viry (Sekirovetal., 2010). Bakteriální mikrobiota člověka byla důkladně prozkoumána, ale výzkum ostatních říší je stále v počátečním stadiu. Přehled různorodých složek mikrobioty lidského střeva je uveden na obrázku 1 spolu s jejími hlavními složkami. Střevo má velký přísun mikronutrientů, široký rozsah pH a přístup k kyslíku, vodíku a metanu, což z něj činí preferované místo pro mikrobiální kolonizaci a vhodné prostředí pro horizontální přenos genů (HGT) (Kurokawa et al., 2007). Za posledních 10 let několik studií poukázalo na interakce mezi bakteriemi a jejich hostiteli. V lidském střevě mohou být bakterie komenzální, symbiotické, patobiontní nebo patogenní (Matijašić et al., 2020). Komensální bakterie ve střevě hrají důležitou roli při produkci vitamínů, syntéze mastných kyselin s krátkým řetězcem (SCFA), regulaci bariérové funkce, imunomodulaci a mnoha dalších procesech, čímž podporují homeostázu organismu (Valdes et al., 2018). Je známo, že inhibují růst patogenních bakterií prostřednictvím procesu známého jako „rezistence na kolonizaci“, buď produkcí metabolitů, které inhibují růst patogenů, nebo regulací imunitního systému hostitele. Existuje však také několik zpráv, které naznačují, že komenzály mohou pomáhat kolonizaci patogenů tím, že vylučují živiny, které tyto bakterie živí, což jim umožňuje nakonec překonat komenzály a způsobit onemocnění (Rolhion a Chassaing, 2016). Kromě toho předchozí výzkumy ukázaly, že komenzály produkují malé sloučeniny z mukózní vrstvy hostitele, které modulují virulenci enterohemoragického Escherichia coli (Jubelin et al., 2018). Je dobře zdokumentováno, že patogenní mikroorganismy mají schopnost vyměňovat si geny s nepatogenními obyvateli střev (Messerer et al., 2017). Abychom pochopili, jak se infekce vyvíjejí ve střevě, musíme důkladně znát ekologii a genetické charakteristiky mnoha bakterií, které převládají v lidském střevě. Vývoj metod a technologií za posledních 20 let, zejména zavedení sekvenování nové generace, zlepšil naši schopnost pochopit a zkoumat přínos členů mikrobioty a jejich roli v lidském zdraví. Bakteriální genom se dělí na dvě široké kategorie, a to jaderný a doplňkový genom. Přídavný genom je rostoucí genový fond s neesenciálními schopnostmi, které poskytují výhodu pro přežití v dané nika, zatímco jaderný genom kóduje proteiny, které jsou potřebné pro metabolické funkce (Rankinet al., 2011). Geny odolné vůči antibiotikům (Acman et al., 2022) a geny virulence (Juhas et al., 2015) patří mezi genové fondy nacházející se v doplňkovém genomu a šíří se zejména horizontálními transferovými procesy (Brito et al., 2016), tj. transduk vezikul vnější membrány (obrázek 2). Ve srovnání s jaderným genomem je exogenní DNA snadno rozlišitelná díky svému jedinečnému složení G þ C a specifickým místům vložení (Ochman et al., 2000). Mobilní genetické elementy (MGE) jsou jedním z hlavních facilitátorů HGT (Gyles a Boerlin, 2013). MGE zahrnují profágy, kompozitní transpozony, patogenní ostrovy, fágy, integrační konjugační elementy (ICE), plazmidy atp. (Davis a Waldor, 2002). Přenos MGE ve střevě vede k přenosu nejen genů rezistence vůči antibiotikům (ARG), ale také genů, které kódují metabolické kompetence, jako je detoxikace solí, využití polysacharidů a degradace hlenu (Broaders et al., 2013). Bohatost a rozmanitost těchto MGE v lidském střevě ztěžuje úplné pochopení jejich ekologických a biologických identit. Mnoho publikovaných článků již potvrdilo, že MGE se získávají prostřednictvím HGT a jsou spojeny s geny kódujícími rezistenci vůči antibiotikům (Kent et al., 2020;

von Wintersdorff et al., 2016; Wang et al., 2022), ale MGE spojené s geny virulence jsou méně zdůrazňovány (Partridge et al., 2018). Mnohé bakteriální chromozomy a mobilní genetické komponenty mají systémy toxin-antitoxin (TA) (Peltier et al., 2020; Schmidt a Hensel, 2004; Weaver et al., 2017). Komensály obvykle nemají virulentní vlastnosti a aktivně produkují látky, které podporují stabilní interakce s jinými bakteriemi, které zabraňují jejich vstupu do potenciálně škodlivých cest. Změny v ekologii, které vytvářejí nové stanoviště, nebo přenos genů virulence z patogenů vedou k transformaci komenzálů na patogeny. Nabytí toxinů nebo genů spojených s chorobami, jako jsou patogenní ostrovy, jsou příklady mechanismů, které přispívají k transformaci komenzálů na patogeny a destabilizaci interakce mezi komenzály a hostitelem (Gilmore et al., 2013). Alternativně může ztráta komenzálních funkcí vést k virulenci, jak se zdá, že se stalo v případech Yersinia pestis (Chain et al., 2004) a Bordetella pertussis (Parkhill et al., 2003). Tato studie shrnuje různé MGE přítomné v genomech enterických patogenů a jiných komenzálních bakterií přítomných ve střevě a jejich roli v produkci toxinů, patogenezi a vývoji onemocnění. Tato komplexní studie objasňuje roli MGE při formování ekologie a evoluce střevního mikrobiomu a jak vedou k adaptaci komunity na střevní prostředí.

Dynamický mikrobiom lidského střeva

Lidské střevo je domovem komplexní a dynamické mikrobiální komunity. Složení střevní mikrobioty ovlivňuje široká škála proměnných, včetně způsobu porodu (Reyman et al., 2019), stravy (David et al., 2014; Muegge et al., 2011), životního stylu a genetiky hostitele (Qin et al., 2). Na mikrobiom střeva ovlivňují evoluční dynamické procesy, jako jsou mutace, horizontální genový přenos, drift a selekce, jakož i ekologické faktory, jako jsou změny v abundanci druhů nebo nahrazení kmenů (Garud a Pollard 2020). Avšak i dnes existují velké mezery v našich poznatcích o globální variabilitě mikrobiomu. Bylo zjištěno, že industrializace, westernizace a rozdíly mezi venkovem a městem v rámci jedné země jsou hlavními příčinami této heterogenity (De Filipo et al., 2017). Environmentální faktory, genetika, strava, nemoci a vystavení antibiotikům hrají významnou roli při určování diverzity a složení mikroorganismů v různých částech těla. Rozmanitá škála faktorů, které mohou ovlivňovat homeostázu střev a mikrobiální diverzitu, je znázorněna na obrázku 3. Pět hlavních kmenů střevních bakterií jsou Firmicutes, Bacteroidetes, Actinobacteria, Proteobacteria, Fusobacteria a Verrucomicrobia, přičemž Firmicutia střevní mikrobioty zdravého člověka (Arumugam et al., 2011). Kmen Firmicutes se skládá z více než 200 různých rodů, které tvoří Lactobacillus, Bacillus, Clostridium, Enterococcus a Ruminococcus. Rod Clostridium představuje 95 % kmene Firmicutes. Bacteroidetes se skládá z převládajících rodů, jako jsou Bacteroides a Prevotella. Kmen Actinobacteria je proporcionálně méně zastoupen a reprezentuje jej hlavně rod Bifidobacterium. Hlavními střevními patogeny jsou Bacteroides fragilis, Clostridium perfringens, Clostridium botulinum, C. difficile, Enterococcus faecalis, Staphylococcus aureus, Salmonella sp., Shigella sp., Vibrio parahaemolyticus, V. cholerae, Yersinia. a Helicobacter pylori patřící do kmenů Bacteroidetes, Firmicutes a Proteobacteria. Střevní mikrobiota se také liší v závislosti na anatomických oblastech střeva, které mají také odlišné fyziologické charakteristiky, pH a napětí kyslíku, hojnost substrátu a sekreci hostitele (Zhang et al., 2015). Vzhledem k dynamické povaze střevní mikrobiomy existují významné rozdíly ve složení a diverzitě střevní mikrobiomy mezi lidmi různých národů. Některé bakterie jsou specifické pro lidi z určité geografické oblasti. Kromě toho byly identifikovány i specifické geny bakterií, které se vyskytují výlučně u lidí z určité geografické oblasti nebo etnické skupiny. Podle výzkumu, který provedli Chen a kolegové (Chen et al., 2020), byla vyšší hojnost genu ppsA pozorována pouze u Pseudomonas tutzerio evropské populace. Dále je známo, že Burkholderia pseudomallei S13 je rozšířenější v evropské populaci. Kromě toho bylo zjištěno, že prevalence Bacteroides je vyšší v evropské a americké populaci než v asijské, a gen MH0053_GL0075770 byl spojen s metabolismem tuků a mohl by souviset s vysokotučnou stravou evropské a americké populace (Chen et al., 2016). Kromě toho výzkumy ukázaly, že Prevotella a Treponema jsou častěji u lidí v Burkina Faso, africké zemi, jejíž obyvatelé přísně dodržují vegetariánskou stravu (De Filippo et al., 2010). Zajímavé je, že u dětí v Japonsku byl identifikován jedinečný mikrobiom s vysokým výskytem Bifidobacteriaceae a nízkým výskytem Enterobacteriaceae, což poukazuje na vysoce hygienický životní styl japonské populace a její stravovací návyky (Nakayama et al., 2015). Prevalence Bacteroides plebeius ve střevním mikrobiomu japonské populace, který dokáže metabolizovat porfyran přítomný v mořských řasách, potvrzuje souvislost mezi stravou a mikrobiomem GI (Hehemann et al., 2010). Podle Das et al. (2018) dominují ve střevním mikrobiomu indických komunit Firmicutes, Bacteroidetes, Actinobacteria a Proteobacteria. Prevotella a Candida byly u Indů častější než u Japonců kvůli rostlinné stravě indické populace (Pareek et al., 2019). Další zajímavá studie Rothschild et al. (2018) podporuje myšlenku, že environmentální faktory dominují při formování střevního mikrobiomu. Individuální polymorfismy jednoho nukleotidu (SNP) nebo genetický původ nemají významný vliv na mikrobiotu a dříve hlášené vztahy nejsou konzistentně pozorovány ve všech studiích (). Přestože se dopady na životní prostředí považují za hlavní faktor ovlivňující vývoj střevního mikrobiomu, individuální genetika také hraje roli ve složení mikrobiomu (Jakobsson et al., 2010). Několik celogenomových asociačních studií spojilo genetické variace hostitele v imunitních drahách se složením mikrobiomu ve zdravém a nemocném stavu (Blekhman et al., 2015). Bylo zjištěno, že mutace v genu středomořské horečky (MEFV) jsou spojeny se změnami ve struktuře střevní mikrobiomové komunity (Khachatryan et al., 2008). Různé genetické faktory hostitele a imunitní faktory hostitele, které mají roli při formování lidského mikrobiomu, jsou uvedeny v databázi „Host Genetic a Immune factors shaping human Microbiota (GIMICA)“ (Tang et al., 2021). Kromě toho rozdílná expozice různým antibiotikům také mění mikrobiální profil člověka. Observované studie zjistily negativní vztah mezi prevalencí mikrobiálních komunit a expozicí antibiotikům (Korpela et al., 2016). Zajímavé je, že i léky, které nejsou antibiotiky, jako například metformin používaný hlavně k léčbě diabetu 2. typu, byly identifikovány jako příčina disbiózy komenzálních bakterií ve střevě (Forslund et al., 2015). V recenzi se rozebírají funkce komenzálních bakterií ve střevě, hlavní střevní patogeny a dynamika MGE mezi komenzály a patogeny, které jsou důležité pro homeostázu střeva a progresi onemocnění.

Funkce komenzálních bakterií ve střevě

Je známo, že přítomnost komenzálních bakterií ve střevě udržuje homeostázu střeva a má významný vliv na zdraví a nemoci člověka. Analýza 1520 kultivovatelných referenčních genomů komenzálních bakterií, provedená v rámci Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (Kanehisa a Goto, 2000), odhalila, že se ve větší míře podílejí na metabolismu sacharidů a aminokyse1. Bylo zjištěno, že kmeny Fusobacteria, Bacteroidetes, Proteobacteria a jiné gramnegativní bakterie disponují širokou škálou genů biosyntézy lipopolysacharidů (ko00540). Geny, které fungují ve směru degradace glykanů (ko00531 a ko00511), byly identifikovány jako hojné v Bacter oidetes, což naznačuje jejich účast na katabolismu sacharidů. Dále byly identifikovány geny podílející se na metabolismu sfingolipidů (ko00600) a syntéze steroidních hormonů (ko00140), které jsou hojné v Bacteroidetes. Proteobacteria byla identifikována jako bohatá na geny podílející se na degradaci xenobiotik (ko01220) (Zou et al., 2019). Mnoho virulentních faktorů a ARG bylo však také zmapováno v databázi virulentních faktorů (Chen et al., 2005) a komplexní databázi antibiotické rezistence (Alcock et al., 2020) v bakteriích patřících do kmene Proteobacteria, což naznačuje jejich schopnost způsobit onemocnění. Esenciální koenzymy, jako je kobalamin, zachycují komenzály ve střevě pomocí lipoproteinů vystavených na povrchu (Wexler et al., 2018). Biosyntéza queuosinu, náhrady guaninu, která má význam při mnoha fyziologických poruchách, jako je progrese rakoviny, neurologické deformity a zvýšená proliferace buněk, byla identifikována jako proces prováděný E. coli a Bacillus subtilis. Toto bylo potvrzeno studiem mutanta genu biosyntézy queuosinu E. coli, který akumuloval epoxyqueuosin (Miles et al., 2011). Hlavními produkty sacharolytického kvašení sacharidů, známými jako SCFA, jsou mravenčan, acetát, propionát a butyrát, které mají různé funkce při udržování zdravé fyziologie střev, včetně integrity bariéry, imunomodulace, proliferace epitelu a regulace chuti k jídlu (Chambers 2; 2020; Morrison a Preston, 2016). Je známo, že střevní komenzály rozkládají vlákninu z potravy, čímž uvolňují deriváty indolu, které aktivují AhR (arylhydrokarbonový receptor) a iniciují ILC3 (vrozené lymfoidní buňky typu 3) buňky, aby posílily střevní sliznici prostřednictvím interleukinu-22. Dále, komenzální bakterie ve střevě metabolizují arginin, aby vylučovaly polyaminy, které inhibují inflamatózní komplex NLRP6 (NOD-podobný receptor obsahující pyrinovou doménu 6) a také zmírňují prozánětlivé cytokiny (Levy et al., 2015). Metabolity střevního mikrobiomu jsou také známy tím, že inhibují syntézu prozánětlivých genů závislou na jaderném faktoru κB, který moduluje cytokiny (Zhang et al., 2022). Kromě toho je známo, že střevní bakterie mohou měnit žlučové soli generované hostitelem, které jsou důležité pro signalizaci a zvýšení funkce epitelové bariéry (Sayin et al., 2013). Polysacharid A syntetizovaný B. fragilis působí jako protizánětlivá molekula, která indukuje sekreci IL-10 CD4þ T buňkami (Johnson et al., 2015). Bylo zjištěno, že Clostridia udržuje hladinu kyseliny retinové ve střevě inhibicí aktivity retinol dehydrogenázy 7 (Rdh7) ve střevních epitelových buňkách (Grizotte-Lake et al., 2018). Komensály ve střevě tak hrají významnou roli v modulaci zdraví hostitele různými způsoby, jako je metabolismus živin, vylučování léků, udržování integrity bariéry a imunomodulace. Bifidobakterie a Lactobacillus spp. se také široce používají jako probiotika v nutraceutickém průmyslu a některé druhy mají dlouhou historii bezpečného používání při výrobě potravin, krmiv a jsou účinné při omlazování dysbiotického střeva v důsledku infekce nebo používání antibiotik. Jejich použití je však ohroženo translokací genu rezistence na erythromycin erm(X), kterou zprostředkovává genomický ostrov BKGI1 (Li et al., 2022).

Patogenní bakterie ve střevě

Každý rok infekce trávicího traktu zabíjejí miliony lidí po celém světě. Protože bakterie jsou nejčastější příčinou onemocnění trávicího traktu, k jejich léčbě se často používají antibiotika. Používání antibiotik vede k disbióze střev a v extrémních situacích k sepsi v důsledku uvolnění endotoxinů vyvolaných antibiotiky (Lepper et al., 2002). Escherichia, Salmonella, Shigella, Vibrio, Yersinia, patřící do kmene Proteo bakterií, a Clostridia, patřící do kmene Firmicutes, jsou některé běžné rody střevních patogenů. U těchto bakteriálních patogenů bylo zjištěno, že obsahují několik genů toxinů, které jsou spojeny s MGE, což by mohlo usnadnit jejich přenos na oportunistické patogeny a komenzální bakterie ve střevě. Geny toxinů střevních patogenů a jejich spojitost s různými MGE, které mohou pomáhat při přenosu těchto genů toxinů, jsou podrobně popsány v následujících částech.

B. fragilis

B. fragilis je tyčinkovitý, gramnegativní obligátní anaerob patřící do kmene Bacteroidota. Genom B. fragilis National Collection of Type Cultures (NCTC) 9343 je široce studován a obsahuje jeden kruhový chromozom o délce 5205140 bp, který obsahuje 4274 genů a plazmid pBF9343 (Pierce a Bernstein, 2016). Přestože tato bakterie je u lidí komenzální, její podskupina nazývaná Enterotoxigenní B. fragilis (ETBF) byla spojena s vážnými onemocněními lidí, jako je kolorektální karcinom a zánětlivý průjem. Při porovnání klinických izolátů ETBF s referenčním kmenem NCTC 9343 bylo zjištěno, že klinické izoláty měly 23 % získaných genů, které byly zodpovědné za toxiny a rezistenci vůči antibiotikům (Pierce a Bernstein, 2016). Bylo zjištěno, že patogenní ostrov má snížený obsah G þC (35 %) ve srovnání s okolní DNA (47 – 50 %), což naznačuje, že izoláty ETBF získaly patogenní ostrov prostřednictvím HGT od jiných bakterií ve střevě nebo od jiného patogenu během přechodné. Kromě toho bylo zjištěno, že gen toxinu bft-2 a gen metaloproteázy (mpII) (Moncrief et al., 1995) jsou obklopeny předpokládanými mobilizačními geny bfmA, bfmB a bfmC, a samotný BfPAI je obklopen mobilizační oblastí 7 na 5-nitro-imidazol, a plazmidě pBFTM10, známé pro poskytování rezistence na klindamycin (Haggoud et al., 1994). Proteiny syntetizované z genu bfmC byly identifikovány jako podobné mobilizačnímu proteinu TraD plazmidu F a R100 E. coli (Franco Augusto et al., 1999). Kmen ETBF také obsahuje gen toxinu metaloproteázy s molekulovou hmotností 20 kDa zvaný fragilysin, který je zodpovědný za cytotoxicitu střevních buněk v patogenním ostrůvku fragilysinu přítomném na transpozitivním prvku CTn86. Kromě CTn86 existují i jiné předpokládané konjugativní transpozony CTn9343, CTn9343-podobné nebo CTn86-podobné prvky v oblastech lemujících patogenitní ostrůvky ETBF (Buckwold et al., 2007).

C. perfringens

C. perfringens je sporoformující, tyčinkovitý, grampozitivní anaerobní organismus patřící do kmene Bacillota/Firmicutes, který se běžně vyskytuje ve střevě zdravých lidí. Někdy však C. perfringens způsobuje různé střevní potíže a střevní onemocnění, jako je otravu jídlem, průjem nezávislý na jídle a kolitidu (Uzal et al., 2010). Kompletní sekvence genomu 56 enterotoxin produkujících C. perfringens izolovaných od pacientů s otravou jídlem prokázala, že mají různorodý pangenom s pouze 12,6 % koregenomem, což naznačuje výskyt vysoké míry HGT a získání nových genů, které přispívají k produkci t (Kiu a Hall, 2018). Kmenem C. perfringens typu A byl identifikován předpokládaný otevřený čtecí rámec (ORF), který vykazuje homologii s ORF Salmonella Typhimurium IS200 inzerčním prvkem 1,5 kb nad genem cpe, který kóduje enterotoxin C. perfringens zodpovědný za toxikózu (Brynestad 9). Dále bylo zjištěno, že gen epsilon toxinu (etx) přítomný v kmenech typu B a D C. perfringens je obklopen IS1151 a genem spojeným s transpozonem Tn3, který vykazuje podobnost s genem kódujícím transpozázu v S. aureus a Lactococcus 9, B. 2010). IS1151 umístěný 96 bp nad genem etx v kmenech C. perfringens typu D byl identifikován jako homologický s prvky inzerční sekvence (IS) Bacillus thuringiensis a E. coli (Daube et al., 1993). Několik kmenů C. perfringens typu A bylo také identifikováno jako nositele genu cpe na velké plazmidě, která obsahovala prvek IS1470 ve svém chromozomu (Brynestad et al., 1994). Prvek IS1470 nesl gen kódující enzym transpozázu 346 aa, který vykazoval homologii s transpozázou nesoucí IS30 (Brynestad et al., 1994). Kromě toho bylo zjištěno, že genom C. perfringens je bohatý na fágové prvky, jako jsou ϕSM101, ϕ3626, ϕS9, ϕS63, ϕCP26F, ϕCP390, ϕCPV4, ϕZP2, ϕCP7R, ϕCP7R, al., 2012).

C. botulinum

C. botulinum je tyčinkovitý, pohyblivý, sporoformující, grampozitivní anaerobní organismus patřící do kmene Bacillota/Firmicutes, který produkuje neurotoxin botulin. Botulismus u lidí je způsoben konzumací kontaminovaných potravin a může způsobit neurotoxicitu a dokonce paralýzu (Nigam a Nigam, 2010). Existují čtyři skupiny C. botulinum, z nichž skupiny I a II způsobují botulismus u lidí. Skupina III způsobuje botulismus u zvířat a skupina IV nemá žádnou souvislost s botulismem (Peck, 2009). Podle zprávy z roku 2017 byl v NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/) k dispozici kompletní genom pouze 13 kmenů C. botulinum. V roce 2022 však existuje přibližně 35 kompletních genomových sekvencí a 440 částečných genomových sekvencí C. botulinum. Velikost genomu C. botulinum se pohybovala od 3,2 do 4,2 Mb s obsahem GC 27–29 % (Bhardwaj a Somvanshi, 2017). Genový cluster bont kóduje botulotoxin (BoNT), který inaktivuje acetylcholinové kotvy v neuromuskulárních spojeních a způsobuje paralýzu. Přítomnost genů bont v C. botulinum je identifikována díky HGT. Genový cluster bont je přítomen buď v chromozomu, nebo v plazmidě bakterie. V kmenu C. botulinum A ATCC 3502 jsou geny bont přítomny v operonu oppA/brnQ, operonu arsC nebo operonu rarA (Skarin a Segerman, 2011). BoNT se dále dělí na typy A, B, C, D, E, F a G. Skupina II C. botulinum je ve velké míře izolována z infekcí přenášených potravinami a je známá produkcí neurotoxinů B, E a F. V C. botulinum jsou toxiny A, B a F kódovány chromozomem, toxin E (Brüssow et al., 2004; Skarin a Segerman, 2011). Bylo zjištěno, že toxin C. botulinum G je přítomen na plazmidě 81MD, a bylo zjištěno, že kmen C. botulinum typu C(C)-203 U28 obsahuje toxin C2 na velkém plazmidě označeném jako pC2C203U28. Další podrobná genomová analýza C. botulinum odhalila, že kmeny skupiny III obsahují různé jiné toxiny kódované v plazmidech (Nawrocki et al., 2018). Nedávná zpráva naznačuje, že C. botulinum skupiny I a II má mnoho bont clusterů obklopených IS prvky, což umožňuje mobilitu těchto genů v genomu a také jejich přenos do jiných bakterií (Sakaguchi et al., 2009). Kromě toho bylo zjištěno, že geny C2toxingenes jsou spojeny s IS prvky, jako jsou ISCbt5 a ISCbt6 (Sakaguchi et al., 2009). Přestože bylo v genomu C. botulinum identifikováno velké množství IS prvků a plazmid, kromě těch, které obsahují geny botC a D, není k dispozici mnoho informací o prevalenci fágových prvků v genomu (Hilletal., 2009). Bylo však zjištěno, že pět fágů sc-st, c-468, c-203, c-d6f a d-1873 je zodpovědných za přeměnu netoxigenických kmenů C. botulinum typu C a D na toxigenické kmeny (Sakaguchi et al., 2005). Kromě toho bylo zjištěno, že infekce dvěma bakteriofágy, CEβ a Ceγ, mění netoxické kmeny na toxické (Eklund et al., 1971).

C. difficile

C. difficile je anaerobní, grampozitivní, tyčinkovitá bakterie patřící do kmene Bacillota, Firmicutes, která je známá tím, že u lidí způsobuje průjmová onemocnění a kolitidu. V roce 2022 bylo v Genbank uloženo více než 2600 genomů C. difficile. Odhaduje se, že kompletní pangenom C. difficile obsahuje přibližně 9640 genů, které byly získány hlavně prostřednictvím HGT událostí, které tvoří přibližně 11 procent celkového genomu (Eyre et al., 2013; Scaria et al., 2010). Bylo identifikováno mnoho plazmidů, které obsahují geny, které dodávají C. difficile rezistenci vůči antibiotikům. Mnoho studií v minulosti hlásilo přítomnost transpozonů, které dodávají rezistenci vůči antibiotikům, jako jsou Tn5397 nebo CTn3 (rezistence vůči tetracyklinu), Tn5398 (rezistence vůči makrolidům, linkosamidem a streptograminům). Faktory virulence C. difficile jsou toxiny A (klostridiální cytotoxin) a B, kódované geny tcdA a tcdB na 19,6 kb dlouhém úseku chromozomu, který tvoří odlišný patogenní lokus (PaLoc). Dále bylo zjištěno, že geny tcdB a cdtAB, které kódují binární toxin s ADP ribosyltransferázovou aktivitou, jsou kódovány pravděpodobnými konjugačními plazmidy. Bylo zjištěno, že kmeny C. difficile Clade CI nesou monotoxin tcdBþPaLoc vedle plné CdtLoc vedle extrachromosomových molekul, které se podobají konjugačním plazmidům (Ramírez-Vargas a Rodríguez, 2020). Kromě toho PaLoc kóduje proteiny, které regulují a pomáhají při sekreci toxinu. Bylo zjištěno, že přenos PaLoc konvertuje netoxigenní kmen na toxigenní (Brouwer et al., 2013). PaLoc chybí v netoxických kmenech. Mezi dvěma ISscdu2/20 a cdd2–3 nacházejícími se nad a pod PaLoc byl nalezen fragment DNA o délce 115 bp (Braun et al., 1996). Zatímco v jiných kmenech, než je VPI 10463, má toxigenní prvek délku 19,6 kb a obsahuje pět ORF. Čtyři z těchto ORF jsou toxin A, toxin B, ORFtxe2 a ORFtxe3 a ORFtxel (Hammond a Johnson, 1995). Zajímavé je, že přesný mechanismus přenosu PaLoc mezi kmeny není zcela znám. K dnešnímu dni není k dispozici mnoho údajů o přítomnosti transpozonů, které jsou spojeny s mobilitou genů virulence nebo toxinů v C. difficile (Brouwer et al., 2011). IStrony jsou kombinací intronu skupiny I a ANIS, které se mohou zcela vyříznout a transponovat na nové místo. IStrony jsou schopny obsahovat variantní proteiny, protože mají jedinečnou spojovací aktivitu. Bylo zjištěno, že vložení IStronu do toxinu A C. difficile je zodpovědné za produkci alternativních variantních toxinů bakterií. Rupnik et al. (2016) studovaly různé permutace toxinů produkovaných různými typy toxinů C. difficile.

E. faecalis

E. faecalis je grampozitivní organismus, který patří do kmene Bacillota, Firmicutes a je přirozeným obyvatelem gastrointestinálního traktu lidí a vzácně se vyskytuje ve stolici. Přestože se tato bakterie považuje za komenzální, byla také spojována s mnoha nozokomiálními (s zdravotnickou péčí souvisejícími) infekcemi, včetně infekcí močových cest, bakteriémie, infekcí ran a endokarditidy (Fowler et al., 2005; Murray, 1990; 1990; Referenční kmen E. faecalis V583, klinický izolát, byl poprvé zaznamenán, sekvenován a publikován v roce 2003 v USA. Obsahoval 3337 ORF, které kódují proteiny v jeho chromozomu a třech plazmidech pTEF1, pTEF2 a pTEF3. Obsah G þ C v chromozomu kmene byl 37,5 %, zatímco plazmidy vykazovaly obsah G þ C 33,3 – 34,4 % a kódovaly 3240 proteinů. Celkem 25 % genomu E. faecalis sestává hlavně z několika MGE, jako je 38 inzerčních elementů, 7 fágových regionů, patogenních ostrovů a regionů pro kompozitní transpozibilní elementy. Většina MGE byla identifikována jako nositelka ARG a virulentních genů (Giridhara Upadhyaya et al., 2009; Paulsen et al., 2003). . V E. faecalis faktory virulence zahrnují hlavně adhezi, tvorbu biofilmu, quorum sensing a toxinové geny. Adhezní faktory, jako jsou ebpA/B/C (pili pomáhající při adhezi bakterií k proteinům hostitele), ace (kolagenový adhezin) a asa1 (agregační látka), byly spojeny s virulencí organismu (Fiore et al., 2019) . Bylo zjištěno, že toxin cytolysin E. faecalis je produkován geny přítomnými v cyl operonu (toxin cytolysin), který sestává z 8 genů cylA/B/I/M/R1/R2/S (Fiore et al., 2019). Kromě toho bylo zjištěno, že několik kmenů E. faecalis produkuje bakteriociny, které jsou kódovány konjugační plazmidou pMB1 o velikosti 90 kb a reagují na pohlavní feromony uvolňované jinými bakteriemi, které usnadňují jejich přenos (Martínez-Bueno et al., 1992). Předchozí studie odhalily, že nejvirulentnější kmeny E. faecalis jsou MDR a silně tvoří biofilm, protože mají výhodu v přežití ve střevě ve srovnání s jinými citlivými střevními bakteriemi (Mundy et al., 2000). Enterokokový povrchový protein (Esp) kódovaný genem esp je zodpovědný za tvorbu biofilmu, který umožňuje jeho kolonizaci v gastrointestinálním traktu (Kristich Christopher et al., 2004). Klinické kmeny E. faecalis obsahovaly patogenní ostrovy, které obsahovaly cytolysin i esp ve srovnání s neinfekčními izoláty pocházejícími z ústní dutiny (Gold et al., 1975). Izoláty byly také identifikovány jako obsahující profágové prvky, které jsou většinou spojeny s virulencí a patogenitou. Kmen V583 obsahuje sedm profágových prvků, které patří do kategorie temperovaných fágů V583-pp1 až V583-pp7 o velikosti od 12 do 43 Kb (Matos et al., 2013). Kromě mírných fágů byly hlášeny i lysogenní fágy, a to GQ478081 (ΦFL1A), GQ478082 (ΦFL1B), GQ478083 (ΦFL1C), GQ478084 (ΦFL2A), GQ478085 (ΦFL2B), GQ478085 (ΦFL2B) GQ478087 (ΦFL3B) a GQ478088 (ΦFL4A) (Stevens et al., 2011). DNA fágu se integruje do hostitelské bakterie prostřednictvím integrázy patřící do rodiny serinových rekombináz na místech att v chromozomu. Proteiny kódované genem fágů se podílejí na udržení lysogenie, adhezi a virulenci (Brede et al., 2011).

S. aureus

S. aureus je grampozitivní bakterie, která patří do kmene Bacillota, Firmicutes a je oportunistickým patogenem, který kolonizuje různé části lidského těla. Je však také známo, že tato bakterie způsobuje onemocnění, jako je otrava jídlem, toxický šokový syndrom, pneumonie, sepse a endokarditida. S. aureus je hlavní příčinou nozokomiálních infekcí a je notoricky znám tím, že získává virulentní geny kódované MGE (Lindsay a Holden, 2004). Genom S. aureus se pohybuje od 2,8 Mb do 2,9 Mb. Přibližně 75 % genomu S. aureus bylo identifikováno jako konzervovaných, které tvoří jaderný genom a podílejí se na pravidelném metabolismu buňky. Přibližně 25 % genomu bylo identifikováno jako doplňkový genom, který obsahoval nižší obsah G þ C v porovnání s jaderným genomem (Turner et al., 2019). Podobně jako u jiných bakterií, doplňkový genom tvoří geny spojené s virulencí a patogenitou. Izoláty S. aureus přirozeně obsahují jeden nebo více plazmidů a jsou klasifikovány do tří tříd, I, II a III. Bylo zjištěno, že v S. aureus se většina přenosu plasmidů uskutečňuje prostřednictvím transdukce, protože S. aureus není konjugativně kompetentní. Mnohé ARG S. aureus jsou spojeny s plasmidy. vanAoperon, který obsahuje geny, které poskytují rezistenci vůči vankomycinu, je podle všeho získán E. faecalis v důsledku konjugativního přenosu (Hiramatsu et al., 1997). Kromě genů, které kódují rezistenci vůči vankomycinu, byly v plasmidech S. aureus identifikovány i geny, které kódují rezistenci vůči beta-laktamovým antibiotikům (Altboum et al., 1985). Kromě toho byly identifikovány enterotoxin B, bakteriocin a exfoliativní toxin B jako plazmidy kódované v patogenu (Bukowski et al., 2010). Šest genů (seg, sei, sem, sen, seo a sede) kódujících enterotoxiny se nachází v clusteru genů enterotoxinu (egc), který je součástí genomového ostrova S. aureus vSaβ (také známý jako SaPI3/m3). Přenos vSaβ usnadňuje stafylokokový mírný fág Φ SaBů (Moon et al., 2015). Kromě plazmidů byly v genomu S. aureus identifikovány i genetické prvky, jako jsou transpozony a IS prvky, které pomáhají při bakteriální evoluci, a to v jediném nebo tandemovém kopiích. Je také známo, že IS a jednotkové transpozony výrazně přispívají k antibiotickému odporu u S aureus (Byrne et al., 1989). Kromě antibiotického odporu transpozony také poskytují odolnost vůči těžkým kovům, jako je kadmium (Kuroda et al., 2001). Fágové prvky S. aureus jsou tří typů: lytické, temperované a chronické. Na základě velikosti fágového prvku se dále dělí na třídu I (16–20 kb), II (35–40 kb) a III (125–140 kb) (Kwan et al., 2005). V S. aureus obsahují temperované bakteriofágy geny jako stafylokináza (sak), protein inhibující chemotaxii (scn), enterotoxiny a exfoliativní toxin (eta) (Deghorain a Van Melderen, 2012). Virulentní faktory, jako je Panton-Valentine leukocidin, enterotoxin A a exfoliativní toxin A, jsou kódovány lysogenními profágy. Geny asociované s virulencí se obvykle nacházejí v blízkosti místa připojení (att) a integračního místa (int) fágového elementu. Pomocné fágy Φ11 a Φ80α pomáhají při replikaci, mobilizaci a excizi ostrovů patogenity stafylokoků (SaPI), které jsou nemobilními patogenními ostrovy S. aureus (Mir-Sanchis et al., 2012; Ram et al., 2012). Bylo sekvencováno mnoho SaPI, které kódují enterotoxiny a toxin toxického šokového syndromu (TSST) (Xia a Wolz, 2014).

Salmonella spp

Salmonella je gramnegativní enterobakterie ve tvaru tyčinky, která patří do kmene Pseudomonadota, tedy Proteobacteria. Jedná se o fakultativní anaerobní bakterie, které jsou zodpovědné za značnou část onemocnění na celém světě. Salmonella spp. je známá jako jedna z hlavních příčin gastrointestinálních onemocnění po celém světě. Celosvětově je 1,3 miliardy případů gastroenteritidy, 3 miliony úmrtí a 16 milionů případů břišního tyfu připisovaných každoročně Salmonelle (Pui et al., 2011). Salmonella enterica a Salmonella bongori jsou dva druhy, které tvoří rod Salmonella. Více než 2600 sérotypů S. enterica je dále rozděleno do šesti poddruhů, které se od sebe odlišují rozdíly v jejich bičíkových (H) a somatických (O) vlastnostech. Většina infekcí u lidí je způsobena S. enterica poddruhem I (enterica), který je zároveň nejčastěji izolovaným poddruhem u zvířat (Brenner et al., 2000). Na druhé straně, S. bongori se
vyskytuje převážně u „studenokrevných“ zvířat, jako jsou obojživelníci, ryby a plazi, a je také známo, že způsobuje méně než 1 % infekcí u lidí (Tomastikova et al., 2017). Salmonely jsou z medicínského hlediska kategorizovány na tyfové (S. Paratyphi A, S. Paratyphi B, S. Typhi) a netyfové Salmonella (např. Enteritidis). S. Typhi murium je známo tím, že způsobuje tyfus, S. Paratyphi A, B a C způsobují střevní horečku a jiné sérotypy S. Paratyphi způsobují salmonelózu. Sérovary Salmonella, o kterých je známo, že způsobují gastroenteritidu, se mohou šířit kontaminovanými potravinami nebo vodou nebo přímo fekálně-orální cestou. Většina sérotypů Salmonella může způsobit gastroenteritidu, zatímco malý počet, jako je S.Typhi, může způsobit invazivní infekci (Rabsch et al., 2001). Patogenita infekcí Salmonella zahrnuje řadu virulentních faktorů, jako jsou patogenitní ostrovy Salmonella SPI-1, SPI-2 a jiné SPI, které jsou kódovány sekrečními systémy typu 3 (T3SS), jakož i bičíky, tobolky, plazmidy a adhezní systémy.
Vývoj T3SS-2 a intracelulární reprodukce probíhají v membránou ohraničeném kompartmentu
známém jako vakuola obsahující Salmonella (SCV). Dvě konzervované a stabilní PAI, známé jako patogenní ostrovy Salmonella 1 a 2 (SPI-1a SPI-2), jsou přítomny ve všech druzích S. enterica. SPI-1 exprimoval sekreční systém typu 3 (TTSS-1), obsahující invazivní geny, které umožňují bakteriím vstoupit do hostitelských střevních epiteliálních buněk prostřednictvím procesu zahrnujícího polymeraci aktinu a remodelaci cytoskeletu (Raffatellu et al., 2005, Jajere 20). Kromě toho se SPI-2, kódovač TTSS-2, syntetizuje když Salmonella infikuje fagocytární buňky hostitele, jako jsou dendritické
buňky a makrofágy, což usnadňuje prožívání Salmonella ve vakuole známé jako „SCV“ tím, že zpomaluje vývoj vakuoly a její fúzi s lysosomy. Proliferace Salmonella v podmínkách s nízkými hladinami hořčíku, jako například v makrofázích, závisí na SPI-3 (Amavisit et al., 2003, Foley et al., 2013). Geny
nacházející se na SPI-4 jsou nezbytné pro přežití v makrofázích, apoptózu a uvolňování toxinů.
Geny SPI-5 kódují různé efektivní proteiny T3SS, zatímco geny kódované SPI-6 transportují proteiny do buněčného prostředí nebo hostitelských buněk v reakci na vnější podněty. Navíc, S. enterica subsp. enterica disponovala velkým excisovatelným PAI, ostrovem patogenity Salmonella 7 (SPI-7),
který obsahoval přibližně 150 genů. SPI-7 má velikost přibližně 134 kb a obsah GC přibližně 49,7 %. SPI-7 byl identifikován jako vysoce mozaikový a zdá se, že byl odvozen postupným získáváním různých
genů. Kromě genů, které se podílejí na jeho mobilizaci, bylo zjištěno, že ostrov patogenity obsahuje i virulentní geny, jako je Vi antigen, SopE fag a typ IVB pilus locus (Bueno et al., 2004). Virulentní gen sopE (STY4609) kóduje protein SopE, efektorový protein uvolňovaný TTSS-1, který způsobuje přeskupení aktinu v epitelových buňkách, byl identifikován jako součást profágu podobného P2 umístěného uprostřed SPI-7. S. enterica serovar Enteritidis (S. enteritidis) je patogenní bakterie, která má nestabilní patogenní ostrov o velikosti 26,5 kb zvaný Region of Difference 21 nebo ROD21 (SPI19). Ostrov patogenity ROD21 byl identifikován jako přítomný v chromozomu S. enteritidis spojený s řadou genů virulence (Pardo-Roa et al., 2019). Salmonella a různé odlišné sérotypy byly objeveny, že obsahují teplotně závislé, diverzifikované a hostitelsky omezené konjugační plazmidy IncC, IncF, IncHI a IncI1, obsahující AR geny. Konkrétně, konjugační virulentní plazmid IncF byl získán z ptačího patogenního kmene E. coli (Lindsey et al., 2009).

Vibrio parahaemolyticus

Vibrio parahaemolyticus je gramnegativní, zakřivená, tyčinkovitá, halofilní bakterie patřící do kmene Pseudomonadota, Proteobacteria, která způsobuje gastrointestinální onemocnění u lidí po konzumaci nesprávně připravených mořských živočichů (Danielsetal., 2000). V. parahaemolyticus byl poprvé objeven v roce 1950 po vypuknutí otravy mořskými plody v Japonsku (Mezinárodní sympozium o Vibrio parahaemolyticus, 1974). Kromě toho byla V. parahaemolyticus spojována s příčinou septikémie a infekcí ran u lidí (Santos et al., 2020). Kromě infekcí u lidí způsobuje tento patogen i infekce u krevet [akutní hepatopankreatická nekróza (AHPND)], což je nově se objevující onemocnění, původně nazývané syndrom včasné úmrtnosti (Tena et al., 2010). AHPND není způsobeno pouze V. parahaemolyticus, ale i jinými členy rodu Vibrio sp., jako jsou V. campbellii, V. owensii a V. punensis. Zajímavé je, že bylo zjištěno, že plazmid typu pVA1 nese gen toxinu pirABvp zodpovědný za tuto nemoc. Dále bylo zjištěno, že plazmid se může přenášet mezi druhy rodu Vibrio prostřednictvím konjugace. Bylo zjištěno, že plazmid typu pVA1 má obsah GC přibližně 45,9 % s počtem kopií 37 na bakteriální buňku a sestává z 92 ORF, které kódují proteiny asociované s virulencí, mobilizační proteiny, replikační enzymy, transpozázy a jiné proteiny (Pir) toxinů (Lee et al., 2015). Dva geny, pirA- a pirB-like, které se nacházejí v oblasti fragmentu o velikosti 3,5 kb, jsou obklopeny 1 kb invertovanými opakovanými sekvencemi kódujícími transpozony a jsou spojeny s kódováním proteinů podobných toxinu Pir v V. parahaemolyticus. Obsah GC těchto dvou genů byl podstatně nižší (38,2 %) než v ostatní části plazmidu, což naznačuje, že tyto geny byly získány horizontálním přenosem. V. parahaemolyticus a V. cholerae, původce cholery, mají společný fylogenetický vztah. Oba mají dva kruhové chromozomy. Genem V. parahaemolyticus má dva chromozomy, které mají velikost přibližně 3288558 bp a 1877212 bp a obsahují 4832 genů, s obsahem GþC 454 procent pro každý chromozom. Chromozom I V. parahaemolyticus a V cholerae se identifikoval jako velikostí velmi podobný (33 vs. 30 Mb), ale chromozom II V. parahaemolyticus se identifikoval jako větší než chromozom V. cholerae (19 vs. 11 Mb) (Tagomori ). V V. parahaemolyticus bylo identifikováno několik plazmid, jako například pSA19, pZY5 a p22702B. Většina genů v těchto plasmidech byla známa jako kódující hypotetické proteiny. Studie o ICE V. parahaemolyticus jsou ojedinělé, avšak v roce 2019 studie He et al. (2019) identifikovala ICE pozitivní V. parahaemolyticus izolovaný z krevet chovaných v akvakultuře. ICE údajně obsahuje hlavně geny, které kódují rezistenci vůči antibiotikům a těžkým kovům. Na rozdíl od omezených studií o plasmidech a ICE V. parahaemolyticus existuje řada studií o fágových prvcích, které získal tento patogen, ao jejich příspěvku k jeho patogenitě. Existují zprávy o vláknitých vibriofagech, jako je f237 identifikován z pandemických klonů O3:K6 V. parahaemolyticus. Mezi další dobře charakterizované fágové elementy ve V. parahaemolyticus patří KVP40, VP882, VP93, pO3K6, Vf12, Vf33, VfO3K6, VfO4K68 a VpV262. Byla identifikována významná podobnost aminokyselin mezi vláknitými fágy V. parahaemolyticus a fágy identifikovanými z jiných druhů čeledi Vibrionaceae (Chang et al, 1998). Kromě toho existují důkazy o dalších událostech HGT v genomu V. parahaemolyticus. Byla pozorována vysoká podobnost v T3SS lokalizovaném na chromozomu II V. parahaemolyticus a kmenech V. cholerae non-O1/non-O139. Druhý T3SS2 V. parahaemolyticus lokalizovaný na chromozomu II byl identifikován jako obsahující dvě kopie tdh (termostabilní přímý hemolyzin) obklopené geny transpozázy podobnými Tn7. Dále důkazy naznačují, že V. parahaemolyticus získal trh (hemolyzin související s TDH) od V. alginolyticus v případě HGT (González-Escalona et al, 2006; Xie et al, 2005). HGT byl identifikován jako příčina vzniku patogenních klonů V. parahaemolyticus z prostředí.

H. pylori

H. pylori je mikroaerofilní gramnegativní spirálovitá bakterie patřící do kmene Campylobacterota, Proteobacteria. Tato bakterie se nachází v hlenu, který kolonizuje epitel žaludku u více než 50 % světové populace (Bravo et al., 2018; Proença-Modena et al., 2009). Závažnost onemocnění závisí hlavně na faktorech hostitele a bakteriálních faktorech. Ve většině případů je infekce bezpříznaková, ale občas se může vyvinout do peptických vředů, lymfomu sliznicové lymfatické tkáně a dokonce i rakoviny žaludku (GC). V roce 1994 byla H. pylori Světovou zdravotnickou organizací zařazena do kategorie karcinogenů třídy I. H. pylori jsou spirálovité, tyčinkovité, zakřivené bakterie s bičíky a vnějším membránovým obalem. Pohyblivost je další důležitou složkou jejich patogenity, která umožňuje bakteriím procházet mukózovou vrstvou žaludečního epitelu (Josenhans a Suerbaum, 2002). Jakmile se bakterie připojí k žaludečním epitelovým buňkám, způsobuje vakuolizaci epitelových buněk, což vede k poškození buněk. Tato vakuolizace je výsledkem produkce cytotoxinu nazývaného vakuolizující cytotoxin A (VacA), pórovitého sekretního toxinu, který je zodpovědný za rozsáhlou vakualizaci epitelových buněk, smrt buněk a narušení integrity epitelu (Szabò et al., . Vakuolizace se může výrazně lišit od kmene ke kmeni a existuje korelace mezi závažností patogeneze H. pylori a existencí ostrova patogenity genu asociovaného s cytotoxinem (PAI). Důležitým faktorem virulence je cagA, který je přítomen v ostrově přibližně 30 genů, které H. pylori s největší pravděpodobností získal od jiných organismů. Klinicky významný H. pylori byl rozdělen na kmeny typu I a typu II. Všechny kmeny typu I mají geny, které mohou produkovat cytotoxiny CagA i VacA, zatímco kmeny typu II mají pouze geny, které jsou potřebné k produkci VacA. H. pylori má poměrně složitou patofyziologii. V genomu H. pylori se nachází několik MGE a několik studií uvádí, že v genomu patogenu došlo k genetické reorganizaci, která mu pomáhá přizpůsobit se drsným podmínkám v žaludku a také exprimovat geny virulence a rezistence. Nedávná studie uvádí, že ICE typu čtyři sekrečního systému H. pylori (ICEHptfs) jsou konzervovanou genomovou oblastí v H. pylori. Přestože byla tato oblast identifikována jako konzervovaná, bylo zaznamenáno, že se může mobilizovat prostřednictvím konjugace. Kromě toho tato oblast vykazovala vysokou diverzitu aliel. ICE prvek byl identifikován jako nositel genů, které kódují sekreční systém typu 4 (T4SS), geny VirB, D a C. Kromě ICE v genomu H. pylori je tento patogen znám také tím, že obsahuje kryptické plazmidy, které poskytují oblasti, které jsou horkými body pro specifickou rekombinaci. Zajímavé je, že tento patogen obsahuje také plazmidy, které vykazují homologii s plasmidy grampozitivních organismů, které se replikují prostřednictvím mechanismu rolling circle, a také plazmidy, které se replikují prostřednictvím mechanismu theta. Kromě toho bylo v H. pylori identifikováno několik IS elementů, které obsahují geny vykazující homologii s geny jiných patogenů, jako jsou Salmonella (virulentní gen gipA) a E. coli (Vale et al., 2008).

Jiné střevní patogeny

Odhaduje se, že polovina všech průjmových onemocnění je způsobena střevními gramnegativními bakteriemi. Tyto bakterie se podílejí na významné části případů průjmu a střevní horečky, které ročně způsobují více než tři miliony úmrtí. Hlavní příčinou průjmových infekcí je produkce jednoho nebo více bakteriálních enterotoxinů. Dalšími důležitými střevními patogeny patřícími do kmene Proteobacteria, Pseudomonadota jsou V. cholerae a E. coli. V. cholerae se spojuje s jednou z nejzávažnějších průjmových infekcí, cholerou, zatímco infekce způsobené enterotoxigenním E. coli (ETEC) jsou zodpovědné za největší počet případů cestovatelského průjmu. Mezi další důležitá gastrointestinální průjmová onemocnění způsobená střevními patogeny patří Shigella spp., která patří do kmene Pseudomonadota, Proteobacteria, a Campylobacter jejuni, který patří do kmene Campylobacterota, Proteobacteria. Ze virů je známo, že rotavirus způsobuje nejzávažnější průjmová onemocnění u dětí ve věku do 2–3 let. Dalšími významnými gastrointestinálními viry jsou kaliciviry a některé druhy adenovirů. Parazitické enterické patogeny také způsobují případy průjmu, mezi něž patří Entamoeba histolytica, Giardia lamblia a Cryptosporidium spp. Tyto patogeny způsobují infekce různými způsoby. Obecně zahrnuje konvenční infekční cyklus (1) vstup patogenu, (2) usazení a růst patogenů uvnitř hostitelské buňky, (3) obejití obranyschopnosti hostitele a (4) poškození hostitele a výstup. Většina těchto funkcí je dosažena střevními patogeny s pomocí různých efektorových molekul. Efektorové molekuly lze obecně klasifikovat jako ty, které pomáhají bakteriím při kolonizaci a usazování se patogenu ve střevě hostitele, a ty, které pomáhají patogenu při přenosu, kterého je dosaženo poškozením buněk hostitele. Patogen také produkuje efektorové molekuly, které mu pomáhají vyhnout se imunitnímu systému hostitele. Enterotoxin, který produkují kmeny ETEC, je podobný cholérnímu toxinu (CT) a choléra i průjem způsobený ETEC vedou k velké ztrátě vody a elektrolytů, které se vylučují v horní pětině tenkého střeva. Infekce ETEC vyžaduje nejprve adhezi a poté syntézu toxinů. ETEC produkuje dva druhy enterotoxinů, 84-kd tepelně labilní toxin (LT) a druhý ETEC toxin, který je tepelně stabilní (ST) STa a STb. ST má teplotní toleranci 100 °C a pouze STa, peptid o velikosti kolem 2 kD, byl spojen s onemocněním lidí (Joffré et al., 2016). Genomy lidí i prasat mají širokou škálu genů, které kódují různé variace LT. Varianty tepelně labilního enterotoxinu (LT) LTIp, LTIh, LTIc a LTIIa, kódované genem eltAB, jsou podle zpráv spojeny s plasmidy, chromozomy a profágy (Jobling et al., 2012, 2016; co zatím) Lasaro et al. toxinu u lidí a prasat souvisí s plasmidy (Joffré et al., 2016; Taillon et al., 2008). ETEC i V. cholerae mají srovnatelné fimbrie, které jsou klíčové pro adhezi a kolonizaci bakterií v tenkém střevě hostitele. Kolonizační faktory, které jsou kódovány na plazmidech, hrají podstatnou roli při zprostředkování adheze, zatímco molekula adhezinu vnější membrány je dalším důležitým faktorem virulence, kódovaným v patogenním ostrově (Fleckenstein, et al., 1996). Kromě kontrastů existují i podobnosti. Sekrece tekutin u choleru je z velké části, byť ne výlučně, způsobená jediným enterotoxinem. Ale enterotoxiny LT (tepelně labilní toxin) a ST (tepelně stabilní toxin) jsou jedním nebo oběma, které vyvolávají akutní toxická průjmová onemocnění. Geny CT jsou kódovány profágem (CT fágem) umístěným v chromozomu, zatímco v případě ETEC se geny ST i LT nacházejí na plazmidech a nejsou spojeny s fágem. Většina gastrointestinálních patogenů, včetně EPEC, Salmonella Shigella a Yersinia, používá svůj T3SS k dodávání efektorových proteinů do hostitelských buněk. Shigella snadno napadá epitelové buňky lidského střeva z bazolaterální plochy. Shigella sp. obsahuje jediný kruhový chromozom a avirulentní plasmid. Virulentní plazmid je spojován s virulencí a patogenezí patogenu. Většina virulentních faktorů Shigella se nachází ve 30 kb oblasti zvané „vstupní oblast“, která obsahuje mxi-spa lokus, který kóduje T3SS. Tento velký plazmid také kóduje proteiny (IpaB a IpaC), které pomáhají bakteriím vstoupit do hostitelských buněk, množit se a šířit se do sousedních buněk (Sansonetti et al., 1999). Kromě virulentního plasmidu obsahují patogenní ostrovy (PAI) na chromozomu Shigella také geny, které přispívají k virulenci patogenu. Zajímavé je, že bylo zjištěno, že geny a jiné prvky v PAI se mohou vyskytovat v různých kombinacích v závislosti na druhu a podtypu Shigella. Kombinace chromosomových virulentních faktorů a plazmidových virulentních faktorů zprostředkovává invazivnost a virulenci patogenu. Shigella enterotoxin 1 (ShET1) a Shigella enterotoxin 2 (ShET2) jsou hlavními virulentními faktory, které zprostředkovávají časnou sekreci tekutiny v jejunu a následně v tlustém střevě. ShET1 je kódován geny set1A a set1B na chromozomu Shigella jako součást PAI SHI-1. PAI je specifický pouze pro izoláty S. flexneri 2a (Vargas et al., 1999; Yavzori et al., 2002). Dvě toxinové podjednotky dohromady tvoří toxinový komplex typu holo-AB v konfiguraci A1-B5, podobný cholera holotoxinu, a jsou sekretovány prostřednictvím Sec dráhy a sekrece typu II (Faherty et al., 2012). Dalším významným střevním patogenem je Yersinia, opět člen kmene Pseudomonadota, Proteo bakterie, a tři druhy, a to Y. pestis, Y. enterocolitica a Y. pseudotuberculosis, jsou známé tím, že způsobují smrtelná onemocnění u lidí. Tento patogen je spojován s infekcemi regionálních lymfatických uzlin nebo plic a také s širokou škálou gastrointestinálních onemocnění, od enteritidy po mezenterickou lymfadenitidu (Bibikova, 1977; Putzker et al., 2001; (Pujol a Bliska). virulentních faktorů, jako například 70-kb virulentní plasmid, pCD1 v Y. pestis a pYV v enteropatogenní Yersinia. virulentní plasmid v Y. pestis obsahuje několik genů, které kódují strukturální komponenty T3SS, jakož i efektorové proteiny T3SS nazývané vnější proteiny Yersinia (Yops) (Bliska et al., 2013; Schwiesow et al., 2015) T6SS s odlišnými biologickými funkcemi. T6SS dodává několik efektorových proteinů, zatímco jiné sekreční systémy dodávají jen jeden typ efektorového proteinu. 2005). Různé toxinové geny spojené s MGE v různých bakteriálních enterických patogenech jsou shrnuty v tabulce 1.

Dynamika MGE spojených s toxiny

Jak bylo uvedeno v předchozích částech tohoto přehledu, velký počet determinantů virulence byl spojen s MGE u důležitých střevních patogenů. Přestože existuje několik studií a přehledů, které zdůrazňují důležitost MGE spojených s ARG a jejich dynamiku přenosu mezi komenzály a patogeny, studie zabývající se důležitostí MGE spojených s geny virulence a jejich dynamikou jsou ojedinělé. Ačkoli je HGT mezi druhy z různých kmenů považována za vzácný jev, v rámci stejného druhu je běžný. Existují však i zajímavé zprávy o HGT mezi různými říšemi, kde bakteriální geny a jejich proteinové homology vedly k získání funkcí v organismech vyššího řádu, jako jsou houby, nematody a eukaryoty (Mayer et al., 2011; Moran a Jarvik, 2010). Jaramillo et al. (2015) identifikovali 11 případů HGT toxických genů z bakterií do rostlinných hub Colletotrichum gloeosporioides. Mnohé toxické geny homologické s geny subtilizinu získaly houby z Bacillus pumilus. Dále existují i zprávy o dynamice křížových kmenů toxinů s pozoruhodným příkladem aerolysinu, toxinu tvořícího póry přítomného v Aeromonas hydrophila, který byl identifikován iv mnoha patogenech patřících do kmenů Firmicutes a Proteobacteria (Kennedy0 et al.). Dále bylo pozorováno, že MGE s širokým spektrem hostitelů překračují kmeny a mobilizují se z komenzálů do izolátů patogenů (Forster et al., 2022). Forster a jeho tým porovnali více než 1000 genomů komenzálních kmenů patřících k 540 druhům a více než 45 000 patogenů patřících k 12 druhům a zjistili více než 64 000 případů přenosu zprostředkovaného MGE mezi komenzály a patogeny. Dobře zkoumaný přenos toxinového genu v rámci stejného bakteriálního druhu je přenos genu CT z toxigenního V. cholerae O1 do non-O1/O139 V. cholerae (Choi et al., 2010). Vibrio fágy, které jsou běžnými obyvateli vodních systémů, jsou známé tím, že hrají důležitou roli v přenosu genů CT (CTX-AB) z toxigenního kmene na netoxigenní kmen a modulují dynamiku a evoluci V. cholerae. Transdukční experimenty byly provedeny s použitím toxigenních kmenů V. cholerae O395 a E4 s cílem určit schopnost vibrio fágů přenášet geny CTXɸ do netoxigenních kmenů (Choi et al., 2010). Bylo zjištěno, že NetB pórovitý toxin produkovaný C. perfringens při společné kultivaci s izoláty C. perfringens negativními na netB získává gen toxinu prostřednictvím přenosu konjugativní plazmidy pJIR3535 a pNetB-Ne10 (Lacey et al., 201. Dále, křížový HGT genů toxinů byl demonstrován Muthukrishnanem et al. (2019) prostřednictvím experimentů se společnou kultivací izolátů V. parahaemolyticus pozitivních na pirAB a kmene Algoriphagus sp. negativního na pirAB. Přenos genu pirAB probíhá prostřednictvím konjugativního přenosu plazmidu pVA1. Toxin, který způsobuje odlupování a degeneraci hepatopankreasu krevet, byl identifikován nejen ve V. parahaemolyticus, ale také v několika dalších Vibrio sp. a také v ne-Vibrios (Dong et al., 2017; Restrepo et al., 2018). Dalším příkladem přenosu genů toxinů mezi různými druhy bakterií je konjugativní plazmida (pVT1) V. tapetis, která způsobuje hnědé prstencové onemocnění. Je známo, že mozaiková plazmida obsahuje DNA regiony podobné těm, které se nacházejí v V. vulnificus, Photobacterium profundum, Listonella anguillarum a Shewanella sp. Dynamika genů toxinů spojených s MGE mezi střevními patogeny a nepatogenními bakteriemi se může vyskytovat ve střevě, ale iv prostředí. Je známo, že environmentální parametry mají významný vliv na HGT a regulaci exprese genů virulence. Je známo, že prostředí biofilmu zvyšuje rychlost HGT v důsledku těsné blízkosti bakteriálních buněk v biofilmu (Gyles a Boerlin, 2013). Kromě toho je známo, že systémy TA přispívají k selekci a udržení MGE (Aminov et al., 2011). Systém TA se skládá ze stabilního toxinu přítomného v chromozomu a labilního antitoxinu, který se obvykle nachází na plazmidech. Když bakteriální buňky ztratí plazmid, exprese antitoxinu se zastaví a exprese toxinu způsobí smrt buněk. Tento dvousložkový systém tak selektivně eliminuje bakteriální buňky bez plasmidů v populaci (Aminov et al., 2011). Proto pochopení environmentálních faktorů ovlivňujících přenos, genetiku a dynamiku virulence spojené s MGE pomůže objasnit evoluci bakterií a pochopit futuristické vznikající bakteriální patogeny. Dále, pochopení širokých hostitelských MGE může umožnit výzkumníkům identifikovat přírodní a syntetické molekuly, které mohou snížit jejich mobilitu, čímž zabrání virulenci a přenosu ARG.

Souhrn

Proražení v sekvenčních technologiích otevřelo dveře ke zkoumání nesčetného množství mikrobů obývajících lidské střevo. Poznatky o jejich genomech pomohly pochopit ekologii různých mikrobů, jejich funkce a dynamiku MGE spojených s různými fitness vlastnostmi. U většiny bakteriálních střevních patogenů je příčinou onemocnění produkce toxinů, které jsou kódovány těmito MGE. Tyto MGE zahrnují zejména fágy, patogenní ostrovy, plasmidy a transpozony. V této studii jsou shrnuty různé MGE spojené s virulentními vlastnostmi klinicky významných střevních patogenů. Další studie o MGE připraví půdu pro lepší pochopení jejich bakteriální specificity, mechanismů integrace a excize, jakož i dědičnosti. Toto pochopení může dále pomoci výzkumníkům při navrhování strategií pro prevenci šíření těchto MGE, které hrají důležitou roli při zmírňování onemocnění. Dále je možné formulovat různé strategie, jako například screening přírodních a syntetických sloučenin, které mohou vyléčit MGE z bakteriálních patogenů, čímž se stanou méně virulentními a citlivými na stávající antibiotika. Tyto strategie, navržené pro boj proti stabilitě těchto MGE, by mohly pomoci snížit zátěž onemocněním a zabránit vzniku mutantů odolných vůči antibiotikům v budoucnosti.

Poděkování. Děkujeme Dr. G. Balakrishovi Nair za jeho cenné připomínky. Paní Shashi Kumari děkuje CSIR-GOI za její doktorské stipendium. Dr. Deepjyoti Paul a Dr. Lekshmi N děkují DBT-GOI za stipendijní program MK Bhan. Příspěvek autorů. SP, SK a BD vypracovaly původní recenzi; JV, SB, DP, LN a BD recenzi upravily a finalizovaly. Financování. Tato studie byla finančně podpořena Ministerstvem biotechnologie (DBT) indické vlády (grant č. BT/PR38173/MED/97/474/2020).

Konflikt zájmů. Autoři prohlašují, že neexistuje žádný střet zájmů. Poznámky o přispěvatelích. SP, SK, JV, SB, LN a DP vytvořily první návrh recenze. BD recenzi upravil a finalizoval.

References
AcmanM,WangR,vanDorpL,ShawLP,WangQ,LuhmannN,YinY,SunS,ChenH,WangH,BallouxF(2022)Roleof mobilní genetické prvky v globální disseminaci z carbapenem resistance gene blaNDM. Nature Communications 13 (1), 1131. https://doi.org/10.1038/s41467-022-28819-2
AlcockBP,RaphenyaAR,LauT,TsangKK,BouchardM,EdalatmandA,HuynhW,NguyenAV,ChengAA,LiuS,MinSY,
MiroshnichenkoA,TranHK,WerfalliRE,NasirJA,OloniM,SpeicherDJ,FlorescuA,SinghB,FaltynM,…McArthur
AG (2020) CARD 2020: Antibiotické rezistence dohledu s komprehensive antibiotické rezistence databáze. Nucleic
Acids Research 48(D1), D517–D525. https://doi.org/10.1093/nar/gkz935
Altboum Z, Hertman I a Sarid S (1985) Penicillinase plasmid-linked genetické faktory pro enterotoxiny B a C1
production in Staphylococcus aureus. Infection and Immunity 47(2), 514–521. https://doi.org/10.1128/iai.47.2.514-521.1985
Amavisit P, Lightfoot D, Browning GF, Markham PF (2003) Variace mezi patogenní serovary within Salmonella
pathogenicity islands. Journal of Bacteriology 185(12), 3624–3635. https://doi.org/10.1128/JB.185.12.3624-3635.2003
ArgudinMA,MendozaMC,RodicioMR(2010)FoodpoisoningandStaphylococcusaureusenterotoxins.Toxins(Basel)2(7),
1751–1773. https://doi.org/10.3390/toxins2071751
ArumugamM,RaesJ,PelletierE,LePaslierD,YamadaT,MendeDR,FernandesGR,TapJ,Brulst,BattoJM,BertalanM,
BorruelN,CasellasF,FernandezL,GautierL,HansenT,HattoriM,HayashiT,KleerebezemM,KurokawaK,…BorkP
(2011) typů terorismu lidské gut microbiome. Nature 473(7346), 174–180. https://doi.org/10.1038/nature09944
Aminův RI (2011) Horizontal gene exchange in environmental microbiota. Frontiers in Microbiology 2, 158. https://doi.org/
10.3389/fmicb.2011.00158
Awad MM, Ellemor DM, Boyd RL, Emmins JJ, Rood JI (2001) Synergické efekty alfa-toxinu a perfringolysin O in
Clostridium perfringens-mediated gas gangrene. Infection and Immunity 69(12), 7904–7910. https://doi.org/10.1128/
IAI.69.12.7904-7910.2001
Bhardwaj T and Somvanshi P (2017) Pan-genomní analýza Clostridium botulinum reveals unique targets for drug
development. Gene 623,48–62. https://doi.org/10.1016/j.gene.2017.04.019
Bibikova VA (1977) Současné pohledy na interrelationships mezi fleas and pathogens of human and animal
diseases. Annual Review of Entomology 22(1), 23–32. https://doi.org/10.1146/annurev.en.22.010177.000323
Bliska JB, Wang X, Viboud GIandBrodskyIE(2013)Modulace innate immune responses by Yersinia type III secretion
system translocators and effectors. Cellular Microbiology 15(10), 1622–1631.
Blekhman R, Goodrich JK, Huang K, Sun Q, BukowskiR, Bell JT, Spector TD, Keinan A, Ley RE, Gevers D a Clark AG
(2015) Host genetické variace impacts microbiome složení přes lidské body stránky. Genome Biology 16, 191. https://
doi.org/10.1186/s13059-015-0759-1
BraunV,HundsbergerT,LeukelP,SauerbornMandvonEichel-StreiberC(1996)Definitionofthesingleintegration siteof
the pathogenicity locus v Clostridium difficile. Gene 181(1–2):29–38. https://doi.org/10.1016/s0378-1119(96)00398-8
BravoD,HoareA,SotoC,ValenzueleMAandQuestAF(2018)Helicobacterpyloriinhumanhealthanddisease:Mechanisms
pro místní gastric a systemické účinky. World Journal of Gastroenterology 24(28), 3071–3089. https://doi.org/10.3748/wjg.
v24.i28.3071

Brede DA, Snipen LG, Ussery DW, Nederbragt AJ a Nes IF (2011) Complete genome sequence of the commensal
enterococcus faecalis 62, samostatný od zdravého norwegian infant. Journal of Bacteriology 193(9), 2377–2378. https://
doi.org/10.1128/JB.00183-11
Brenner FW, Villar RG, Angulo FJ, Tauxe R a Swaminathan B (2000) Salmonella nomenclature. Journal of Clinical
Microbiology 38(7), 2465–2467. https://doi.org/10.1128/JCM.38.7.2465-2467.2000
Brito IL, Yilmaz S, Huang K, Xu L, Jupiter SD, Jenkins AP, … Alm EJ (2016)
structured from global to individual scales. Nature 535(7612), 435–439. https://doi.org/10.1038/nature18927
Broaders E, Gahan CG a Marchesi JR (2013) Mobilní genetické prvky lidského gastrointestinálního traktu: Potential for
spread of antibiotic resistance genes. Gut Microbes 4(4), 271–280. https://doi.org/10.4161/gmic.24627
Brouwer MSM, Warburton PJ, Roberts AP, Mullany P a Allan E (2011) Genetické organizace, mobility a predicted
funkce genů na integrované, Mobilní genetické prvky v sekvenčních stranách Clostridium difficile. PLoS One 6(8),
e23014. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0023014
Brouwer MS, Roberts AP, Hussein H, Williams RJ, Allan E, Mullany P (2013) Horizontal gene transfer converts non
toxigenic Clostridium difficile strains do toxin producers. Nature Communications 4, 2601. https://doi.org/10.1038/
ncomms3601.
Brubaker RR (1991) Factors promoting acute and chronic diseases caused by Yersiniae. Clinical Microbiology Reviews 4(3),
309–324. https://doi.org/10.1128/CMR.4.3.309
Brüssow H, Canchaya C a Hardt WD (2004) Phages a vývoj bacterial pathogens: Z genomic rearrange
ments to lysogenic conversion. Microbiology a Molecular Biology Reviews 68(3), 560–602. https://doi.org/10.1128/
MMBR.68.3.560-602.2004
BrynestadS,IwanejkoLA,StewartGSandGranumPE(1994)AcomplexarrayofHprconsensusDNArecognitionsequences
proximální k enterotoxinu Gen v Clostridium perfringens typu A. Microbiology (Reading, Anglie) 140,97–104. https://
doi.org/10.1099/13500872-140-1-97
Brynestad S, Synstad B a Granum PE (1997) Clostridium perfringens enterotoxin gene
typ A human food poisoning strains. Microbiology 143(7), 2109–2115. https://doi.org/10.1099/00221287-143-7-2109
BuckwoldSL,ShoemakerNB,SearsCLandFrancoAA(2007)Identificationandcharacterization ofconjugative transposons
CTn86 a CTn9343 v Bacteroides fragilis strains. Applied and Environmental Microbiology 73(1), 53–63. https://doi.org/
10.1128/AEM.01669-06
BuenoSM,SantiviagoCA,MurilloAA,FuentesJA,TrombertAN,RodasPI,…MoraGC(2004)Preciseexcisionofthelarge
pathogenity ostrova, SPI7, v salmonella enterica serovar Typhi. Journal ofBacteriology 186(10),3202–3213.https://doi.org/
10.1128/JB.186.10.3202-3213.2004
Bukowski M, Wladyka B a Dubin G (2010) Exfoliativní toxiny Staphylococcus aureus. Toxiny 2(5). 1148–1165; https://
doi.org/10.3390/toxins2051148
Byrne ME, Rouch DA a Skurray RA (1989) Nucleotide sequence analýza IS256 z Staphylococcus aureus
gentamicin-tobramycin-kanamycin-resistance transposon Tn4001. Gene 81(2), 361–367. https://doi.org/10.1016/0378
1119(89)90197-2
ChainPS,CarnielE,LarimerFW,LamerdinJ,StoutlandPO,RegalaWM,GeorgescuAM,VergezLM,LandML,MotinVL,
Brubaker RR, Fowler J, Hinnebusch J, Marceau M, MedigueC, Simonet M, Chenal-Francisque V, Souza B, DacheuxD,
Elliott JM,…GarciaE(2004)InsightsintotheevolutionofYersiniapestisthroughwhole-genomecomparisonwithYersinia
pseudotuberculosis. Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America 101(38), 13826–13831.
https://doi.org/10.1073/pnas.0404012101
Chambers ES, Morrison DJ a Frost G (2014)
underlying mechanisms? Proceedings of Nutrition Society, 74(3), 328–336. https://doi.org/10.1017/S0029665114001657
Chang B, Taniguchi H, Miyamoto H a Yoshida S (1998) Filamentous bacteriophages of Vibrio parahaemolyticus as a
possible clue to genetic transmission. Journal of Bacteriology 180(19), 5094–5101. https://doi.org/10.1128/JB.180.19.5094
5101.1998
ChenL, Collij V, Jaeger M, van den MunckhofICL, VichVila A, Kurilshikov A,…FuJ(2020)Gutmicrobialco-abundance
networks show specificity in inflammatory bowel disease and obesity. Nature Communications 11(1), 4018–4018. https://
doi.org/10.1038/s41467-020-17840-y
ChenL,YangJ,YuJ,YaoZ,SunL,ShenYandJinQ(2005).VFDB:Areferencedatabaseforbacterialvirulencefactors.Nucleic
Acids Research, 33(suppl_1), D 325–D 328. https://doi.org/10.1093/nar/gki008
Chen L, Zhang YH, Huang T a Cai YD (2016) Gene expresion profilování gut microbiota v různých rasách lidí.
Scientific Reports 6(1), 23075. https://doi.org/10.1038/srep23075
Choi S, Dunams D a Jiang SC (2010) Transfer z cholera toxin genes z O1 do non-O1/O139 stran by vibriophages z
California coastal waters. Journal of Applied Microbiology 108(3), 1015–1022. https://doi.org/10.1111/j.1365-2672.2009.04502.x
Cornelis GR, Boland A, Boyd AP, Geuijen C, Iriarte M, Neyt C, … Stainier I (1998) The virulence plasmid of Yersinia,an
antihost genome.MicrobiologyandMolecularBiologyReviews 62(4),1315–1352.https://doi.org/10.1128/MMBR.62.4.1315
1352.1998

Daniels NA, MacKinnon L, Bishop R, Altekrus S, Ray B, Hammond RM, … Slutsker L (2000) Vibrio parahaemolyticus
infections in the United States, 1973–1998. Journal of Infectious Diseases 181(5), 1661–1666. https://doi.org/10.1086/
315459
DasB,BischerourJandBarreFX(2011)Molecularmechanismofacquisitionofthecholeratoxingenes.TheIndianJournalof
Medical Research 133(2), 195–200.
DasB, GhoshTS,Kedia S,RampalR,SaxenaS, BagS,…AhujaV(2018)Analysis ofthegutmicrobiome of rural and urban
healthy Indians žijící v moři úrovně a vysoké altitude areas. Scientific Reports 8(1), 10104. https://doi.org/10.1038/s41598-018
28550-3
Daube G, SimonPandKaeckenbeeck A (1993) IS1151, jako IS-like prvek Clostridium perfringens. Nucleic Acids Research
21(2), 352–352. https://doi.org/10.1093/nar/21.2.352
DavidLA,MauriceCF,CarmodyRN,GootenbergDB,ButtonJE,WolfeBE,LingAV,DevlinAS,VarmaY,FischbachMA,
Biddinger SB, Dutton RJ a Turnbaugh PJ (2014) Dieta rapidly a reproducible alters human gut microbiome.
Nature 505(7484), 559–563. https://doi.org/10.1038/nature12820
Davis BM a Waldor MK (2002) Mobile Genetic Elements and Bacterial Pathogenesis Mobile DNA II. American Society of
Microbiology, pp. 1040–1059. https://doi.org/10.1128/9781555817954.ch45
den Bakker HC, Manuel CS, Fortes ED, Wiedmann M, Nightingale KK (2013) Genome sequencing identifies Listeria
fleischmannii subsp. colora donensissubsp.nov.,isolated fromaranch.International JournalofSystematic andEvolutionary
Microbiology 63(Pt 9), 3257–3268. https://doi.org/10.1099/ijs.0.048587-0
DeFilippo C, DiPaolaM,RamazzottiM,AlbaneseD,Pieraccini G,Bance E,Miglietta F, Cavalieri D and Lionetti P(2017)
Dieta, environments, and gut microbiota. A preliminary investigation in children living v zemědělské a městské Burkina Faso and
Itálie. Frontiers in Microbiology 8, 1979. https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.01979
DeFilippo C, Cavalieri D, Di Paola M, Ramazzott M, Poullet JB, Massart S, … Lionetti P (2010) Impact of diet in shaping
gut microbiota revealed by a comparative study in children from Europe and rural Africa. Proceedings of the National
Academy of Sciences 107(33), 14691–14696. https://doi.org/10.1073/pnas.1005963107
Deghorain M a Van Melderen L (2012) The Staphylococci phages rodiny: An overview. Viruses 4(12), 3316–3335. https://
doi.org/10.3390/v4123316
DongX,WangH,XieG,ZouP,GuoC,LiangYandHuangJ(2017)Anisolate of Vibrio campbellii nesoucí pirVP gene
causa acute hepatopancreatic necrosis disease. Emerging Microbes & Infections 6(1), e2. https://doi.org/10.1038/
emi.2016.131
Eklund MW,PoyskyFT,ReedSMandSmithCA(1971)BacteriophageandthetoxigenicityofClostridium botulinumtype C.
Science 172(3982), 480–482. https://doi.org/10.1126/science.172.3982.480
Eyre DW, Cule ML, Wilson DJ, Griffiths D, Vaughan A, O'Connor L, … Walker AS (2013) Diverse sources of C. difficile
infection identified on whole-genome sequencing. New England Journal of Medicine 369(13), 1195–1205. https://doi.org/
10.1056/NEJMoa1216064
Faherty CS, Redman JC, Rasko DA, Barry EM a Nataro JP (2012) Shigella flexneři effectors
induced adherence to the colonic epithelium following bile salts exposure. Molecular Microbiology 85(1), 107–121. https://
doi.org/10.1111/j.1365-2958.2012.08092.x
Fiore E, Van Tyne D a Gilmore MS (2019) Pathogenity of enterococci. Microbiology Spectrum 7(4). https://doi.org/
10.1128/microbiolspec.GPP3-0053-2018
Fleckenstein JM, Kopecko DJ, Warren RL a Elsinghorst EA (1996) Molecular characterization of the tia invasion locus
from enterotoxigenic Escherichia coli. Infection and Immunity 64(6), 2256–2265. https://doi.org/10.1128/iai.64.6.2256
2265.1996
Foegeding NJ, Caston RR, McClain MS, Ohi MD a Cover TL (2016) Na pohledu Helicobacter pylori VacA toxin
biology. Toxins 8(6), 173. https://doi.org/10.3390/toxins8060173
Foley SL, Johnson TJ, Ricke SC, Najak R, Danzeisen J (2013) Salmonella pathogenita a host adaptace v kuře
associated serovars. Microbiology a Molecular Biology Reviews 77(4), 582–607. https://doi.org/10.1128/MMBR.00015-13
Forslund K, Hildebrand F, Nielsen T, Falony G, Le Chatelier E, Sunagawa S, … Meta HITc (2015) Disentangling type
2 diabetes and metformin treatment signatures in the human gut microbiota. Nature 528(7581), 262–266. https://doi.org/
10.1038/nature15766
Forster SC, LiuJ, KumarN,GulliverEL,GouldJA,Escobar-Zepeda A,MkandawireT,PikeLJ,ShaoY,StaresMD,Browne
HP,NevilleBAandLawleyTD(2022)Strain-levelcharacterizationofbroadhostrangemobilegeneticelementstransferring
antibiotická resistance z lidského mikrobiomu. Nature Communications 13(1), 1445. https://doi.org/10.1038/s41467
022-29096-9
FowlerVG,MiroJM,HoenB,CabellCH,Abrutyne,RubinsteinE,CoreyGR,SpelmanD,BradleySF,BarsicB,PappasPA,
Anstrom KJ, WrayD, Fortes CQ, Anguera I, Athan E, Jones P, van der Meer JT, Elliott TS, Levina DP, … Investigators
ICE (2005) Staphylococcus aureus endocarditis: A consequence of medical progress. JAMA 293(24), 3012–3021. https://
doi.org/10.1001/jama.293.24.3012

Franciosa G, Maugliani A, Scalfaro C, Aureli P (2009) Evidence that plasmid-borne botulinum neurotoxin typu B genes are
widespread among Clostridium botulinum serotype B strains. PLoS One 4(3), e4829. https://doi.org/10.1371/journal.
pone.0004829
Franco Augusto A, Cheng Rodney K, Chung GT, Wu S, Oh HB a Sears Cynthia L (1999) Molecular evolution of the
pathogenita ostrova Enterotoxigenic Bacteroides fragilis strains. Journal of Bacteriology 181(21), 6623–6633. https://
doi.org/10.1128/JB.181.21.6623-6633.1999
Gamage SD, McGannon CM, Weiss AA (2004) Escherichia coli serogroup O107/O117 lipopolysaccharide binds and
neutralizes Shiga toxin 2. Journal of Bacteriology 186(16), 5506–5512. https://doi.org/10.1128/JB.186.16.5506-5512.2004
GarudNRandPollardKS(2020)Populationgeneticsinthehumanmicrobiome.TrendsinGenetics:TIG36(1),53–67.https://
doi.org/10.1016/j.tig.2019.10.010
GiridharaUpadhyayaPM,RavikumarKLandUmapathyBL(2009)Reviewofvirulencefactorsofenterococcus:Anemerging
nosocomial pathogen. Indian Journal of Medical Microbiology 27(4), 301–305. https://doi.org/10.4103/0255-0857.55437
Gilmore MS,Lebreton FandvanSchaik W(2013)Genomic transitionof enterococci from gut commensals to leading causes
nemocniční infekce multidrug-resistant v antibiotické éře. Current Opinion in Microbiology 16(1), 10–16. https://doi.org/
10.1016/j.mib.2013.01.006
Gold OG, Jordan HVand van Houte J (1975) prevalence of enterococci v lidské mouth a jejich patogenity v
animal models. Archives of Oral Biology 20(7), 473–477. https://doi.org/10.1016/0003-9969(75)90236-8
González-Escalona N, Blackstone GM a DePaola A (2006) Characterization of vibrio alginolyticus strain
Aljašský oysters, carrying a hemolysin gene similar k thermostable direct hemolysin-related hemolysin gene (trh)of
Vibrio parahaemolyticus. Applied and Environmental Microbiology 72(12), 7925–7929. https://doi.org/10.1128/
AEM.01548-06.
Grizotte-Lake M, Zhong G, Duncan K, Kirkwood J, Iyer N, Smolenski I, … Vaishnava S (2018) Commensals suppress
intestinal epithelial cell retinoic acid synthesis k regulaci interleukinu-22 aktivity a prevent mikrobiální dysbiosis. Immunity
49(6), 1103–1115.e1106. https://doi.org/10.1016/j.immuni.2018.11.018
Gyles C a Boerlin P (2013) Horizontally transferované genetické prvky a jejich role v pathogenesis bacterial disease.
Veterinary Pathology 51(2), 328–340. https://doi.org/10.1177/0300985813511131
Haggoud A, Reysset G, Azeddoug H a Sebald M (1994) Nucleotide sequence analýza dvou 5-nitroimidazole resistance
determinanty z Bacteroides strains and of new insertion sequence upstream of the two genes. Antimicrobial Agents and
Chemotherapy 38(5), 1047–1051. https://doi.org/10.1128/AAC.38.5.1047
HammondGAandJohnsonJL(1995)ThetoxigenicelementofClostridiumdifficile strain VPI 10463. Microbial Pathogenesis
19(4), 203–213.
He Y, Wang S, Zhang J, Zhang X, Sun F, He B, Liu X (2019) Integrative and conjugative elements-positive Vibrio
parahaemolyticus izolované z akvakultury krevety v Jiangsu, China. Frontiers in Microbiology 10, 1574. https://doi.org/
10.3389/fmicb.2019.01574
HeesemannJ,HantkeK,VockeT,SakenE,Rakina,StojiljkovicIandBernerR(1993)VirulenceofYersiniaenterocoliticais
closely spojené s siderophore production, exprese z železo-repressible outer membrane polypeptide of 65 000 Da
and pesticin sensitivity. Molecular Microbiology 8(2), 397–408. https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.1993.tb01583.x
HehemannJ-H,CorrecG,BarbeyronT,HelbertW,CzjzekMandMichelG(2010)Transferofcarbohydrate-activeenzymes
from marine bacteria to Japanese gut microbiota. Nature 464(7290), 908–912. https://doi.org/10.1038/nature08937
Hill KK, Xie G, Foley BT, Smith TJ, Munk AC, Bruce D, Smith LA, Brettin TS a Detter JC (2009) Recombination and
insertation events involving the botulinum neurotoxin complex genes in Clostridium botulinum types A, B, E a F and
Clostridium butyricum typu E strains. BMC Biology 7, 66. https://doi.org/10.1186/1741-7007-7-66
Hiramatsu K, Hanaki H, Ino T, Yabuta K, Oguri T a Tenover FC (1997) Methicilin-resistant Staphylococcus aureus
klinické strany s redukovanou vancomycin susceptibility. Journal of Antimicrobial Chemotherapy 40(1), 135–136. https://
doi.org/10.1093/jac/40.1.135
International Symposium on Vibrio Parahaemolyticus (1974). Vibrio parahaemolyticus Congresses, xiii, 261, Tsunesaburo
Fujino, President. Tokyo, Saikon Pub. Co., Japan, Září 17–18, 1973.
Jajere SM (2019) Review of Salmonella enterica se zvláštním zaměřením na pathogenitu a virulence továrna, host
specificity a antimicrobial resistance včetně multidrug resistance. Veterinary World 12(4), 504–521. https://doi.org/
10.14202/vetworld.2019.504-521
Jakobsson HE, Jernberg C, Andersson AF, Sjölund-Karlsson M, Jansson JK a Engstrand L (2010) Short-term antibiotic
léčba má různé long-term impacts na lidské throat a gut microbiome. PLoS One 5(3), e9836. https://doi.org/
10.1371/journal.pone.0009836
Jaramillo VD,SuknoSA,ThonMR(2015)Identificationofhorizontallytransferred genesinthegenusColletotrichumreveals
a steady tempo of bacterial to fungal gene transfer. BMC Genomics 16(1), 2. https://doi.org/10.1186/1471-2164-16-2
Jobling MG a Holmes RK (2012) Type II heat-labile enterotoxiny z 50 různých Escherichia coli isolates belong almost
exclusively to rodina LT-IIc a má být prophage encoded. PLoS One 7(1), e29898. https://doi.org/10.1371/journal.
pone.0029898

Jobling MG(2016)Thechromosomal příroda ofLT-II enterotoxiny solved: A lambdoid prophage encodes both LT-II and one
of two novel pertussis-toxin-like family toxin members in typ II enterotoxigenic Escherichia coli. Pathogens and Disease 74
(3), ftw001. https://doi.org/10.1093/femspd/ftw001
Joffré E, ven Mentzer A, Svennerholm AM a Sjöling Å (2016) Identifikace nového heat-stable (STa) enterotoxin allele
varianty vyrobené z lidské enterotoxigenní Escherichia coli (ETEC). International Journal of Medical Microbiology: IJMM
306(7), 586–594. https://doi.org/10.1016/j.ijmm.2016.05.016
Johnson JL, Jones MB a Cobb BA (2015) Polysaccharide z kapsle Bacteroides fragilis induces clonal CD4þ T
cell expansion. Journal of Biological Chemistry 290(8), 5007–5014. https://doi.org/10.1074/jbc.M114.621771
Josenhans C and Suerbaum S (2002) The role of motility jako virulence factor in bacteria. International Journal of Medical
Microbiology 291(8), 605–614. https://doi.org/10.1078/1438-4221-00173
Jubelin G, Desvaux M, Schüller S, Etienne-Mesmin L, Muniese M a Blanquet-Diot S (2018) Modulation of Enterohae
morrhagic Escherichia coli survival a virulence v lidském gastrointestinálním procesu. Microorganisms 6(4), 115. https://
doi.org/10.3390/microorganisms6040115
JuhasM(2015)Horizontalgenetransferinhumanpathogens.CriticalReviewsinMicrobiology41(1),101–108.https://doi.org/
10.3109/1040841X.2013.804031
KanehisaMandGotoS(2000)KEGG:Kyotoencyclopediaofgenesandgenomes.NucleicAcidsResearch28(1),27–30.https://
doi.org/10.1093/nar/28.1.27
Kennedy CL, Lyras D, Cordner LM, Melton-Witt J, Emmins JJ, Tweten RK a Rood JI (2009) Pore-forming aktivity of
alfa-toxin je essential pro Clostridium septicum-mediated myonecrosis. Infection and Immunity 77, 943–951. https://
doi.org/10.1128/IAI.01267-08
Kent AG, Vill AC, Shi Q, Satlin MJ a Brito IL (2020) Widespread transfer mobilních antibiotických rezistencí genes within
individual gut microbiomes převeden prostřednictvím bacterial Hi-C. Nature Communications 11, 4379. https://doi.org/10.1038/
s41467-020-18164-7
Khachatryan ZA, Ktsoyan, ZA, Manukyan GP, Kelly D, Ghazaryan KA and Aminův RI (2008) Predominant role of host
genetika v řízení složení gut microbiota. PLoS One 3, e3064.
KimK-P, Born Y, Lurz R, Eichenseher F, Zimmer M, Loessner MJ a Klumpp J (2012) Inducible Clostridium perfringens
bacteriophages ΦS9 andΦS63:Different genome structures andafully functional sigK intervening element. Bacteriophage 2
(2), 89–97. https://doi.org/10.4161/bact.21363
KiuRandHallLJ(2018)AnupdateonthehumanandanimalentericpathogenClostridiumperfringens.EmergingMicrobes &
Infections, 7(1), 141–141. https://doi.org/10.1038/s41426-018-0144-8
KorpelaK,SalonenA,VirtaLJ,KekkonenRA,ForslundK,BorkPanddeVosWM(2016)Intestinalmicrobiomeisrelatedto
lifetime antibiotic use in Finnish pre-school children. Nature Communications 7(1), 10410. https://doi.org/10.1038/
ncomms10410
Kristich Christopher J, Li YH, Cvitkovitch Dennis G a Dunny Gary M (2004) Esp-independent biofilm formation by
Enterococcus faecalis. Journal of Bacteriology 186(1), 154–163. https://doi.org/10.1128/JB.186.1.154-163.2004
KurodaM,OhtaT,UchiyamaI,BabaT,YuzawaH,KobayashiI,CuiL,OguchiA,AokiK,NagaiY,LianJ,ItoT,Kanamori
M,MatsumaruH,MaruyamaA,MurakamiH,HosoyamaA,Mizutani-UiY,TakahashiNK,SawanoT,…HiramatsuK
(2001) Whole genome sequencing of meticillin-resistant Staphylococcus aureus. Lancet (London, Anglie) 357(9264),
1225–1240. https://doi.org/10.1016/s0140-6736(00)04403-2
Kurokawa K, Itoh T, Kuwahara T, Oshima K, Toh H, Toyoda A, Takami H, Morita H, Sharma VK, Srivastava TP, Taylor
TD,NoguchiH,MoriH,OguraY,EhrlichDS,ItohK,TakagiT,SakakiY,HayashiTandHattoriM(2007)Comparative
metagenomické reprodukované univerzálně enriched gene sets in human gut microbiomes. DNA Research: An International Journal
for Rapid Publication of Reports on Genes and Genomes 14(4), 169–181. https://doi.org/10.1093/dnares/dsm018
Kwan T, Liu J, DuBow M, Gros P a Pelletier J (2005) The complete genomes and proteomes of 27 Staphylococcus aureus
bacteriophages. Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America 102(14), 5174–5179. https://
doi.org/10.1073/pnas.0501140102
Lacey JA, Keyburn AL, Ford ME, Portela RW, Johannesen PA, Lyras D a Moore RJ (2017) Conjugation-mediated
horizontální gen transfer z Clostridium perfringens plasmids v kuřecím gastrointestinálním prostředkem pro účely formace
of new virulent strains. Applied and Environmental Microbiology 83(24), e01814–e01817. https://doi.org/10.1128/
AEM.01814-17
Lasaro MA, Rodrigues JF, Mathias-Santos C, Guth BE, Balan A, Sbrogio-Almeida ME a Ferreira LC (2008) Genetic
Rozmanitost heat-labile toxinu expressed by enterotoxigenic Escherichia coli strains izolované z lidí. Journal of
Bacteriology 190(7), 2400–2410. https://doi.org/10.1128/JB.00988-07
Lee CT, Chen IT, Yang YT, Ko TP, Huang YT, Huang JY, Huang MF, Lin SJ, Chen CY, Lin SS, Lightner DV, Wang HC,
Wang AH, Wang HC, Hor LI a Lo CF (2015)
virulent by acquiring a plasmid that expresses a deadly toxin. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United
States of America 112(34), 10798–10803. https://doi.org/10.1073/pnas.1503129112
Lepper P, Held T, Schneider E, Bölke E, Gerlach H a Trautmann M (2002) Clinical implications of antibiotic-induced
endotoxin release in septic shock. Intensive Care Medicine 28(7), 824–833. https://doi.org/10.1007/s00134-002-1330-6

Letchumanan V, Chan KG a Lee LH (2014) Vibrio parahaemolyticus: Review on pathogenesis, prevalence, and
advance molecular identification techniques. Frontiers in Microbiology 5, 705. https://doi.org/10.3389/fmicb.2014.00705
Lvi M, Thaiss CA, Zeevi D, Dohnal L, Zilberman-Schapira G, Mahdi JA, David E, Savidor A, Korem T, Herzig Y,
Pevsner-Fischer M, Shapiro H, Christ A, Harmelin A, Halpern Z, Latz E, Flavell RA, Amit I, Segal E a Elinav E (2015)
Microbiota-modulated metabolity tvaru intestinal microenvironment reguluje NLRP6 inflammasome signaling.
Cell 163(6), 1428–1443. https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.10.048
Li B, Chen D, Lin F, Wu C, Cao L, Chen H, Hu Y and Yin Y (2022) Genomic island-mediated horizontal transfer of the
erythromycin resistance gene erm(X) among Bifidobacteria. Applied and Environmental Microbiology 88(10), e0041022.
https://doi.org/10.1128/aem.00410-22
Lindsey RL, Fedorka-Cray PJ, Frye JG a Meinersmann RJ (2009) Inc a/C plasmids jsou prevalent v multidrug-resistant
Salmonella enterica isolates. Applied and Environmental Microbiology 75(7), 1908–1915.
Lindsay JA a Holden MT (2004) Staphylococcus aureus: Superbug, super genome? Trends in Microbiology 12(8), 378–385.
https://doi.org/10.1016/j.tim.2004.06.004
Lyras D, O'Connor JR, Howarth PM, Sambol SP, Carter GP, Phumoonna T, Poon R, Adams V, Vedantam G, Johnson S,
Gerding DN and Rood JI (2009) Toxin B je essential pro virulence of Clostridium difficile. Nature 458(7242), 1176–1179.
https://doi.org/10.1038/nature07822
Magne F, Gotteland M, Gauthier L, Zazueta A, Pesoa S, Navarrete P and Balamurugan R (2020) The Firmicutes/
Bacteroidetes ratio: A významný marker gut dysbiosis v oběse pacientů? Nutrients 12(5), 1474. https://doi.org/10.3390/
nu12051474
Martínez-Bueno M, Valdivia E, Gálvez A a Maqueda M (1992) Transfer of plasmid determining bacteriocin Bc-48
výroba a imunita, a odpověď na sexuální pheromones v Enterococcus faecalis S-48. Plasmid 28(1), 61–69. https://
doi.org/10.1016/0147-619x(92)90036-a
Matijašić M, Meštrović T, Paljetak HČ, Perić M, Barešić A a Verbanac D (2020) Gut microbiota beyond bacteria
Mycobiome, Virome, Archaeome, a eukaryotické parasity v IBD. International Journal of Molecular Sciences 21(8), 2668.
https://doi.org/10.3390/ijms21082668
Matos RC, Lapaque N, Rigottier-Gois L, Debarbieux L, Meylheuc T, Gonzalez-Zorn B, … Serror P (2013) Enterococcus
faecalis prophage dynamics and contributions to pathogenic traits. PLoS Genetics 9(6), e1003539. https://doi.org/10.1371/
journal.pgen.1003539
Mayer WE, Schuster LN, Bartelmes G, Dieterich C a Sommer RJ (2011) Horizontální gen transfer z mikrobiálních cellulases
into nematode genomes is associated with functional assimilation and gene turnover. BMC Evolutionary Biology 11(13).
https://doi.org/10.1186/1471-2148-11-13
Messerer M,Fischer WandSchubertS(2017)Investigation of horizontal gen transfer of pathogenity islands in Escherichia
coli using next-generation sequencing. PLoS One 12(7), e0179880. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0179880
Miles ZD, McCarty RM, Molnar G a Bandarian V (2011) Discovery of epoxyqueuosine (oQ) reductase reveals parallels
between halorespiration and tRNA modification. Proceedings of the National Academy of Sciences 108(18), 7368. https://
doi.org/10.1073/pnas.1018636108
Mir-Sanchis I, Martínez-Rubio R, Martí M, Chen J, Lasa Í, Novick RP, … Penadés JR (2012) Control of Staphylococcus
aureus pathogenicity island excision. Molecular Microbiology 85(5), 833–845. https://doi.org/10.1111/j.1365
2958.2012.08145.x
MoncriefJS,ObisoR,BarrosoLA,KlingJJ,WrightRL,VanTassellRL,…WilkinsTD(1995)TheenterotoxinofBacteroides
fragilis is a metalloprotease. Infection and Immunity 63(1), 175–181. https://doi.org/10.1128/iai.63.1.175-181.1995
Moran NA a Jarvik T (2010) Laterální transfer genů z fungi underlies carotenoid production in aphids. Science 328,
624–627. https://doi.org/10.1126/science.1187113
Moon BY, JY Park, Hwang SY, et al. (2015) Phage-mediated horizontální transfer Staphylococcus aureus virulence
associated genomic island. Scientific Reports 5, 9784. https://doi.org/10.1038/srep09784.
Morrison DJ a Preston T (2016) formování krátkých řetězů fatty acids by gut microbiota a jejich impact on human
metabolism. Gut Microbes 7(3), 189–200. https://doi.org/10.1080/19490976.2015.1134082
Muegge BD, Kuczyński J, Knights D, Clement JC, González A, Fontana L, Henrissat B, Knight R and Gordon JI (2011)
Diet drives convergence in gut microbiome funkce přes mammalian phylogeny and within humans. Science 332(6032),
970–974. https://doi.org/10.1126/science.1198719
Mundy LM, Sahm DF a Gilmore M (2000) Relationships mezi enterococcal virulence a antimicrobial resistance.
Clinical Microbiology Reviews 13(4), 513–522. https://doi.org/10.1128/CMR.13.4.513
MuniesaM,HammerlJA,HertwigS,AppelBandBrussowH(2012)Shigatoxin-producingEscherichiacoliO104:H4:Anew
challenge for microbiology. Applied and Environmental Microbiology 78(12), 4065–4073. https://doi.org/10.1128/
AEM.00217-12
Murray BE (1990) Život a časy enterococcus. Clinical Microbiology Reviews 3(1), 46–65. https://doi.org/10.1128/
CMR.3.1.46

Muthukrishnan S, Defoirdt T, Shariff M, Ina-Salwany MY, Yousoff FM andNatrah I(2019) Horizontální gen transfer of the
pirABgenesresponsibleforAcuteHepatopancreatic Necrosis Disease(AHPND)turnsanon-VibriostrainintoanAHPND
positive pathogen. https://doi.org/10.1101/2019.12.20.884320
NakayamaJ,WatanabeK,JiangJ,MatsudaK,ChaoS-H,HaryonoP,…LeeY-K(2015)Diversityingutbacterialcommunity
of school-age děti v Asia. Scientific Reports 5(1), 8397. https://doi.org/10.1038/srep08397
Nawrocki EM, Bradshaw M and Johnson EA (2018) Botulinum neurotoxin – encoding plasmids can be conjugatively
transferred to diverse clostridial strany. Scientific Reports 8(1), 3100. https://doi.org/10.1038/s41598-018-21342-9
Nigam P a Nigam A (2010) Botulinum toxin. Indian Journal of Dermatology 55(1), 8. https://doi.org/10.4103/0019
5154.60343
Ochman H, Lawrence JG a Groisman EA (2000) Laterální gen transfer a příroda bacterial innovation. Nature 405
(6784), 299–304. https://doi.org/10.1038/35012500
Pan Z, Chen Y, McAllister TA, Ganzle M, Plastow G, Guan LL (2021) Abundance a výraz Shiga toxin genes in
Escherichia coli na recto-anal Junction relates to host immune genes. Frontiers v Cellular and Infection Microbiology 11,

633573. https://doi.org/10.3389/fcimb.2021.633573
        Pardo-Roa C, Salazar GA, Noguera LP, Salazar-Echegarai FJ, Vallejos OP, Suazo ID, … Bueno SM (2019) Pathogenicity
        island excision během infekce Salmonella enterica serovar
        bariér in mice to cause systemic infection. PLoS Pathogens 15(12), e1008152. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1008152
        PareekS,KurakawaT,DasB,MotookaD,NakayaS,Rongsen-ChandolaT,…TakedK(2019)ComparisonofJapaneseand
        Indian intestinal microbiota ukazuje diet-dependent interaction between bacteria and fungi. npj Biofilms a Microbiomes 5
        (1), 37. https://doi.org/10.1038/s41522-019-0110-9
        Parkhill J, Sebaihia M, Preston A, Murphy LD, Thomson N, Harris DE, Holden MT, Churcher CM, Bentley SD, Mungall
        KL, Cerdeño-Tárraga AM,TempleL,JamesK,HarrisB,QuailMA,AchtmanM,AtkinR,BakerS,BashamD,BasonN,
        …Maskell DJ (2003) Comparative analysis of genome sequences of Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis and
        Bordetella bronchiseptica. Nature Genetics 35(1), 32–40. https://doi.org/10.1038/ng1227
        Partridge ČR, Kwong SM, Firth N a Jensen SO (2018) Mobilní genetické prvky spojené s antimicrobial resistance.
        Clinical Microbiology Reviews 31(4), e00088–e00017. https://doi.org/10.1128/CMR.00088-17
        Paulsen IT, Banerjei L, Myers GS, Nelson KE, Seshadri R, ReadTD,FoutsDE,EisenJA,GillSR,Heidelberg JF,Tettelin H,
        Dodson RJ, UmayamL,Brinkac L, Beanan M, DaughertyS, DeBoyRT,Durkin S, Kolonay J, Madup R, …FraserCM
        (2003) Role mobilní DNA ve vývoji vancomycin-resistant Enterococcus faecalis. Science 299(5615), 2071–2074.
        https://doi.org/10.1126/science.1080613
        Peck MW(2009) Biologie a genomická analýza Clostridium botulinum. Advances in Microbial Physiology 55, 183–265.
        Peltier J, Hamiot A, Garneau JR, Boudry P, Maikova A, Fortier LC, Dupuy B a Soutourina O (2020) Type I toxin
        Systémy antitoxinu contribute k maintenance of mobile genetic elements in Clostridioides difficile. Communications
        Biology 3, 718. https://doi.org/10.1038/s42003-020-01448-5
        Pierce JV a Bernstein HD (2016) Genomická rozmanitost Enterotoxigenických stran Bacteroides fragilis. PLoS One 11(6),
        e0158171. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0158171
        Postler TS a Ghosh S (2017) Podstaří the Holobiont: Jak mikrobiální metabolity affect human health and shape the
        immune system. Cell Metabolism 26(1), 110–130. https://doi.org/10.1016/j.cmet.2017.05.008
        Proence-Modena JL, Acrani GO, Brocchi M (2009) Helicobacter pylori: Phenotypes, genotypes a virulence genes. Future
        Microbiology 4(2), 223–240. https://doi.org/10.2217/17460913.4.2.223
        Pui C, Wong W, Chai L, Tunung R, Jeyaletchumi P, Hidayah N, … Son R (2011) Salmonella: A foodborne pathogen.
        International Food Research Journal 18(2).
        Pujol C a Bliska JB (2005) Turning Yersinia pathogenesis mimo: Subversion makrophage function by intracellular
        yersiniae. Clinical Immunology 114(3), 216–226. https://doi.org/10.1016/j.clim.2004.07.013
        Putzker M, Sauer HandSobeD(2001)Plagueand další lidské infekce je důsledkem Yersinia species. Clinical Laboratory 47
        (9–10), 453–466.
        Qin Y, Havulinna AS, Liu Y, Jousilahti P, Ritchie SC, Tokolyi A, Sanders JG, Valsta L, Brożyńska M, Zhu Q, Tripathi A,
        Vázquez-Baeza Y,LoombaR,ChengS,JainM,NiiranenT,LahtiL,KnightR,SalomaaV,InouyeMandMéricG(2022)
        Kombinované efekty host genetiky a stravy na lidské gut microbiota a incident disease in a single population cohort.
        Nature Genetics 54(2), 134–142. https://doi.org/10.1038/s41588-021-00991-z
        RabschW,TschäpeHandBäumlerAJ(2001)Non-typhoidalsalmonellosis:Emergingproblems.MicrobesandInfection3(3),
        237–247. https://doi.org/10.1016/S1286-4579(01)01375-2
        Raffatellu M, Wilson RP, Chesse D, Andrews-Polymenis H, Tran QT, Lawhon S, Khara S, Adams LG a Bäumler AJ
        (2005) SipA, SopA, SopB, SopD, a SopE2 contribute to Salmonella enterica serotype typhimurium invasion of epithelial
        cells. Infection and Immunity 73(1), 146–154. https://doi.org/10.1128/IAI.73.1.146-154.2005
        Ram G, Chen J, Kumar K, Ross HF, Ubeda C, Damle PK, Lane KD, Penades JR, Christie GE a Novick RP (2012)
        Staphylococcal pathogenity ostrovní interference s pomocným phage reproduction je paradigm molecular parasitism.
633574. Ramírez-VargasGandRodríguezC(2020)PutativeconjugativeplasmidswithtcdBandcdtABgenesinClostridioidesdifficile.
633575. Emerging Infectious Diseases 26(9), 2287–2290. https://doi.org/10.3201/eid2609.191447
633576. Rankin DJ, Rocha EPC a Brown SP(2011) What traits are carried on mobile genetic elements, and why? Heredity 106(1),
633577. 1–10. https://doi.org/10.1038/hdy.2010.24
633578. Restrepo L, Bayot B, Arciniegas S, Bajaña L, Betancourt I, Panchana F a Reyes Muñoz A (2018) PirVP genes causing
633579. AHPNDidentified v nové vibrio species (Vibrio punensis) s Commensal Orientalis clade. Scientific Reports 8(1),
633580. https://doi.org/10.1038/s41598-018-30903-x
        Reyman M, Van Houten MA, Van Baarle D, Bosch A, Man WH, Chu M, Arp K, Watson RL, Sanders E, Fuentes S and
        Bogaert D (2019) Impact of delivery mode-associated gut microbiota dynamics on health in the first year of life. Nature
        Communications 10(1), 4997. https://doi.org/10.1038/s41467-019-13014-7
        RolhionNandChassaingB(2016)Whenpathogenicbacteriameettheintestinalmicrobiota.Philosophical Transactions ofthe
        Royal Society of London. Series B, Biological Sciences 371(1707), 20150504. https://doi.org/10.1098/rstb.2015.0504
        Rothschild D, Weissbrod O, Barkan E, Kurilshikov A, Korem T, Zeevi D, Costea PI, Godneva A, Kalka IN, Bar N, Shilo S,
        LadorD,VilaAV,ZmoraN,Pevsner-FischerM,IsraeliD,KosowerN,MalkaG,WolfBC,Avnit-SagiT,…SegalE(2018)
        Environment dominates over host genetics v shaping human gut microbiota. Nature 555(7695), 210–215. https://doi.org/
        10.1038/nature25973
        Rupnik M,Janezic S andKraftCS (2016) AnupdateonClostridium difficile toxinotyping. Journal of Clinical Microbiology 54
        (1), 13–18. https://doi.org/10.1128/JCM.02083-15
        Sakaguchi Y, HayashiT,KurokawaK,NakayamaK,OshimaK,FujinagaY,OhnishiM,OhtsuboE,HattoriMandOguma
        K (2005) The genome sequence of Clostridium botulinum typu C neurotoxin-converting phage and the molecular
        mechanisms of unstable lysogeny. Proceedings of National Academy of Sciences of the United States of America 102
        (48), 17472–17477. https://doi.org/10.1073/pnas.0505503102
        SakaguchiY,HayashiT,YamamotoY,NakayamaK,ZhangK,MaS,ArimitsuHandOgumaK(2009)Molecularanalysisof
        an extrachromosomal prvek, který obsahuje C2 toxin genu, který je v Clostridium botulinum typu C. Journal of
        Bacteriology 191(10), 3282–3291. https://doi.org/10.1128/JB.01797-08
        Sansonetti PJ, Van Nhieu GT a Égile C (1999) Rupture intestinal epithelial barrier a mucosal invasion by Shigella
        flexneři. Clinical Infectious Diseases 28(3), 466–475. https://doi.org/10.1086/515150
        Santos HM, Tsai CY, Maquiling K, Tayo LL, Mariatulqabtiah AR, Lee CW a Chuang KP (2020) Diagnosis and potential
        ošetření pro acute hepatopancreatický necrosis disease (AHPND): A review. Aquaculture International: Journal of the
        European Aquaculture Society 28(1), 169–185. https://doi.org/10.1007/s10499-019-00451-w
        Sastalla I, Fattah R, coppage N, Nandy P, Crown D, Pomerantsev AP, Leppla SH (2013) Bacillus cereus Hbl and Nhe
        tripartitní enterotoxin komponenty assemble sequentially na povrchu cílových buněk a nejsou interchangeable. PLoS One
        8(10), e76955. https://doi.org./10.1371/journal.pone.0076955
        Sayin SI, Wahlström A, Felin J, Jäntti S, Marschall HU, BambergK,…BäckhedF(2013)Gutmicrobiotaregulates bileacid
        metabolismus by redukoval úrovně Tauro-beta-muricholic acid, a naturalně occurring FXR antagonist. Cell Metabolism 17
        (2), 225–235. https://doi.org/10.1016/j.cmet.2013.01.003
        Scaria J, Ponnala L, Janvilisri T, Yan W, Mueller LA a Chang YF (2010) Analysis ultra low genome conservation
        Clostridium difficile. PLoS One 5(12), e15147. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0015147
        Schistosomes, liver flukes a Helicobacter pylori (1994). IARC working group on evaluace carcinogenních rizik to
        humans. Lyon, 7–14 June 1994. IARC Monographs on the Evaluation of Carcinogenic Risks to Humans, 61, 1–241.
        Schmidt H a Hensel M (2004) Pathogenity ostrovů v bacterial pathogenesis. Clinical Microbiology Reviews 17(1), 14–56.
        https://doi.org/10.1128/CMR.17.1.14-56.2004
        Schwiesow L, Lam H, Dersch P a Auerbuch V (2015) Yersinia typ III tajný systém master regulátor LcrF. Journal of
        Bacteriology 198(4), 604–614. https://doi.org/10.1128/JB.00686-15
        Scotto d'Abusco AS, Del Grosso M, Censini S, Covacci A a Pantosti A (2000)
        různé among enterotoxigenní Bacteroides fragilis strains z lidských zdrojů a může být v double copies.
        Journal of Clinical Microbiology 38(2), 607–612. https://doi.org/10.1128/JCM.38.2.607-612.2000
        Sekirov I, Russell SL, Antuny LC a Finlay BB (2010) Gut microbiota ve zdraví a zdravotním stavu. Physiological Reviews 90(3),
        859–904. https://doi.org/10.1152/physrev.00045.2009
        Sjöling Å, QadriF,Nicklasson M, BegumYA,WiklundGandSvennerholmA-M(2006)Invivoexpressionoftheheatstable
        (estA) andheatlabile(eltB)toxingenesofenterotoxigenní Escherichiacoli(ETEC).MicrobesandInfection8(12),2797–2802.
        https://doi.org/10.1016/j.micinf.2006.08.011
        Skarin HandSegermanB(2011)Horizontalgenetransfer oftoxingenesin Clostridiumbotulinum.Mobile Genetic Elements 1
        (3), 213–215. https://doi.org/10.4161/mge.1.3.17617

Stevens RH,Ektefaie MRandFoutsDE(2011)TheannotatedcompleteDNAsequenceofEnterococcusfaecalisbacteriophage
φEf11 a jeho součinnost se všemi dostupnými fázemi a predicted prophage genomes. FEMS Microbiology Letters 317(1),
9–26. https://doi.org/10.1111/j.1574-6968.2010.02203.x
Southey-Pillig CJ, Davies DG a Sauer K (2005) Characterization temporal protein production in Pseudomonas
aeruginosa biofilms. Journal of Bacteriology 187(23), 8114–8126. https://doi.org/10.1128/JB.187.23.8114-8126.2005
Szabon I, Brutsche S, Tombola F, Moschioni M, Satin B, Telford JL, Rappuoli R, Montecucco C, Papini E a Zoratti M
(1999) Formace anion-selective kanálů v cellu plazma membrane by toxin VacA of Helicobacter pylori is
required for its biological activity. EMBO Journal 18(20), 5517–5527. https://doi.org/10.1093/emboj/18.20.5517
Taillon C, Nadeau E, Mourez M a Dubreuil JD (2008) Heterogeneity Escherichia coli STb enterotoxin,
diseased pigs. Journal of Medical Microbiology 57 (Pt 7), 887–890. https://doi.org/10.1099/jmm.0.2008/000281-0
TagomoriK,Iida TandHondaT(2002)Comparisonofgenomestructures of vibrios, bacteria possessing dva chromosomes.
Journal of Bacteriology 184(16), 4351–4358. https://doi.org/10.1128/JB.184.16.4351-4358.2002
Tang J, Wu X, MouM, WangC, WangL, LiF, GuoM, YinJ, Xie W, WangX, WangY, DingY, XueWandZhuF(2021)
GIMICA:Hostgeneticandimmunefactorsshapinghumanmicrobiota.NucleicAcidsResearch49(D1),D715–D722.https://
doi.org/10.1093/nar/gkaa851
Tena D, Arias M, Álvarez BT, Mauleon C, Jiménez MP a Bisquert J (2010) Fulminant necrotizing fasciitis due to Vibrio
parahaemolyticus. Journal of Medical Microbiology 59(2), 235–238. https://doi.org/10.1099/jmm.0.014654-0
Tleyjeh IM, Steckelberg JM, Murad HS, Anavekar NS, Ghomrawi HM, Mirzoyev Z, Moustafa SE, Hoskin TL, Mandrekar
JN, Wilson WRandBaddour LM(2005) Temporální trendy v infective endocarditis: A population-based study in Olmsted
County, Minnesota. JAMA 293(24), 3022–3028. https://doi.org/10.1001/jama.293.24.3022
Tomastikova Z, RomeroSB,KnotekZandKarpiskovaR(2017)Prevalenceandcharacteristics of Salmonella species isolated
z captive reptiles in the Czech Republic. Veterinární Medicína 62(8), 456–469.
Turner NA, Sharma-Kuinkel BK, Řasenka SA, Eichenberger EM, Shah PP, Carugati M, Holland TL a Fowler VG
(2019) Methicilin-resistant Staphylococcus aureus: Na pohledu na základní a klinické výzkumy. Nature Reviews Microbiology
17(4), 203–218. https://doi.org/10.1038/s41579-018-0147-4
Uzal FA, Vidal JE, McClane BA a Gurjar AA (2010) Clostridium perfringens toxiny involved in mammalian veterinary
diseases. The Open Toxinology Journal 2,24–42.
Valdes AM, Walter J, Segal E a Spector TD (2018) Role gut mikrobiota v nutrici a zdraví. BMJ 361, k2179.
https://doi.org/10.1136/bmj.k2179
Vale FF, Encarnação P and Vítr JMB (2008) Nový algoritmus pro cluster analýzu genomic methylation: The Helicobacter
pylori case. Bioinformatics (Oxford, Anglie) 24(3), 383–388. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm621
VargasM,GasconJ,JimenezDeAntaMTandVilaJ(1999)PrevalenceofShigellaenterotoxins1and2amongShigellastrains
izolované od pacientů s traveler's diarrhea. Journal of Clinical Microbiology 37(11), 3608–3611. https://doi.org/10.1128/
JCM.37.11.3608-3611.1999
von Wintersdorff CJ, Penders J, van Niekerk JM, Mills ND, Majumder S, van Alphen LB, Savelkoul PH a Wolffs PF
(2016) Disseminace antimikrobiální rezistence v mikrobiálních ecosystems přes horizontální gen transfer. Frontiers in
Microbiology 7, 173. https://doi.org/10.3389/fmicb.2016.00173
Wang Q, Luhmann N, Yin Y, Sun S, Chen H, Wang H a Balloux F (2022) Role mobilních genetických prvků ve světě
dissemination of the carbapenem resistance gene blaNDM. Nature Communications 13(1), 1131. https://doi.org/10.1038/
s41467-022-28819-2
Weaver KE, Chen Y, Miiller EM, Johnson JN, Dangler AA, Manias DA, Clam AM, Schjodt DJ a Dunny GM (2017)
Examination of Enterococcus faecalis toxin-antitoxin systém toxin Fst funkce uplatňující a pheromone-inducible expression
vektor s výraznou represí a broad dynamic range. Journal of Bacteriology 199(12). https://doi.org/10.1128/JB.00065-17
Wexler AG, Schofield WB, Degnan PH, Folta-Stogniew E, Barry NA a Goodman AL (2018) Human gut Bacteroides
capture vitamín B12 via cell surface-exposed lipoproteins. eLife 7, e37138. https://doi.org/10.7554/eLife.37138
XiaGandWolzC(2014)PhagesofStaphylococcusaureusandtheirimpactonhostevolution.Infection,GeneticsandEvolution
21, 593–601. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2013.04.022
Xie ZY, Hu CQ, Chen C, Zhang LP a Ren CH (2005)
alginolyticus a Vibrio parahaemolyticus strains z pobřežní mariculture systémy v Guangdong, China. Letters in
Applied Microbiology 41(2), 202–207. https://doi.org/10.1111/j.1472-765X.2005.01688.x
Yavzoři M, Cohen D a Orr N (2002) Prevalence genů pro shigella enterotoxiny 1 a 2 mezi klinickými isolates of
shigella in Israel. Epidemiology and Infection 128(3), 533–535. https://doi.org/10.1017/s0950268802006866
ZhangYJ,LiS,GanRY,ZhouT,XuDPandLiHB(2015)Impactsofgutbacteriaonhumanhealthanddiseases.International
Journal of Molecular Sciences 16(4), 7493–7519. https://doi.org/10.3390/ijms16047493
ZhengH,SunY,MaoZandJiangB(2008)Investigationofvirulencegenes inclinical isolates of Yersinia enterocolitica. FEMS
Immunology & Medical Microbiology, 53(3), 368–374. https://doi.org/10.1111/j.1574-695X.2008.00436.x
Zhang S, Paul S a Kundu P (2022) NF-κB regulace by gut microbiota decides homeostasis or disease outcome during
ageing. Frontiers in Cell and Developmental Biology 10. https://doi.org/10.3389/fcell.2022.874940

© Autoři, 2025. Publikováno Cambridge University Press ve spolupráci s The Nutrition Society. Jedná se o článek s volným přístupem, distribuovaný podle podmínek licence Creative Commons Attribution (http://creativecommons.org/licenses/by/4.0), která umožňuje neomezené opětovné použití, distribuci a reprodukci za předpokladu, že je správně citován původní článek.